Comment annoter les valeurs de p sur une barre à facettes sur R?

Question

Je voudrais savoir s'il est possible d'annoter les valeurs p en haut du graphique et entre les graphiques à 2 barres. Dans mon cas, en utilisant ggplot2, j'ai un graphe à facettes avec 2 conditions (Passage et Isolated) et dans chaque condition, il y a 3 niveaux/3 bargraphes (GA, CH, KO). Si c'est possible, j'ai quelques p-valeurs de comparaisons par paires (GA vs CH, CH vs KO, GA vs KO) que je voudrais montrer sur le graphique lui-même.

Mon script ggplot est ci-dessous:

#plot 
dev.new() 
accentrating_comb <- ggplot(ch_ko_am_comb, aes(x=speaker_type, y=Mean, fill=speaker_type)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(width=1), stat="identity", colour="black", size=.5) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=cllo, ymax=clup), colour="black", size=.3, width=.2, position=position_dodge(width=1)) + 
    geom_text(aes(label=lable), colour="black", vjust=-0.5, size=10, hjust=-2) + 
    coord_cartesian(ylim=c(0,10)) + 
    ylab("Mean Accent Rating") + 
    scale_fill_brewer(type = "div", palette = "Greys") + 
    guides(fill=guide_legend("Accent")) + 
    theme_bw() + 
    theme(plot.title = element_text(size = 22), axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_text(size = 14), axis.line = element_line(colour = "black"), panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), strip.text.x = element_text(size = 14), axis.text.x = element_text(size=14), legend.title=element_text(size=14), legend.text=element_text(size=14), panel.margin.x=unit(20,"pt")) + 
    facet_wrap(~ condition) #this creates multiple panels 
print(accentrating_comb) 
#dev.off() 

Answer 1

Afin de produire un tracé similaire à la vôtre (deux facettes, 3 variables dans chaque), je l'ai créé un ensemble de données fictives définies à l'aide des iris et ToothGrowth ensembles de données .

Cette solution utilise le paquet ggsignif pour annoter les facettes de terrain avec des valeurs de p, ainsi que de montrer comment ajouter le préfixe p= aux annotations, si on le souhaite.

library(ggplot2) 
library(ggsignif) 

data("ToothGrowth") 
data('iris') 

iris2<-iris[c(1:10,50:60,100:110,61:70,11:20,111:118),] 

big_data<-cbind(iris2,ToothGrowth) #dummy data 


plot<-ggplot(big_data, aes(Species, len)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_signif(comparisons =list(c("setosa", "virginica"),c('setosa','versicolor'),c('virginica','versicolor')), 
       step_increase = 0.1)+ 
    facet_wrap(~supp) #create initial plot 

pg<-ggplot_build(plot) #disassemble plot and obtain information 

pv<-pg$data[[2]]$annotation #seek out p values 

new<-as.factor(paste('p=',pv)) #add the desired prefix 

pg$data[[2]]$annotation<-new #swap out the original annotation 

q<-ggplot_gtable(pg) #reassemble the plot 

plot(q) #generate new plot