La plage de raster prédictive va au-delà de 0-1 pour les données binomiales (package 'raster')

Question

J'ai utilisé le paquet 'raster' pour faire une carte de probabilités avec une variable de réponse binomiale. Le problème est que lorsque je trace les résultats, mes valeurs de raster prédictives vont de -15 à 5 par opposition à 0-1. J'ai utilisé le même code que dans Hijmans, Elith. 2016. «Modélisation de la distribution des espèces avec R» (p.34). Ils obtiennent la gamme de probabilité de 0 à 1 pendant que je continue à obtenir des valeurs étranges. Qu'est-ce que je fais de mal? Voici un exemple reproductible avec les 50 premières lignes de mes données.

install.packages("lme4") 
install.packages("raster") 
install.packages("rgdal") 

library("lme4") 
library("raster") 
library("rgdal") 

# my data 
data = structure(list(colorSymbol = c(1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 
1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), bio_2 = c(75L, 168L, 
57L, 127L, 120L, 100L, 97L, 97L, 97L, 97L, 94L, 102L, 102L, 89L, 
89L, 102L, 96L, 97L, 92L, 100L, 97L, 97L, 97L, 96L, 97L, 95L, 
97L, 105L, 96L, 92L, 96L, 97L, 97L, 88L, 95L, 95L, 95L, 99L, 
96L, 97L, 97L, 100L, 97L, 96L, 94L, 94L, 94L, 94L, 98L, 94L), 
bio_3 = c(24L, 36L, 32L, 57L, 31L, 31L, 32L, 32L, 32L, 32L, 
31L, 33L, 31L, 32L, 32L, 33L, 32L, 31L, 32L, 33L, 32L, 32L, 
32L, 32L, 32L, 32L, 32L, 34L, 31L, 32L, 32L, 32L, 32L, 32L, 
32L, 32L, 32L, 31L, 32L, 32L, 32L, 34L, 31L, 32L, 31L, 31L, 
31L, 31L, 32L, 32L)), .Names = c("colorSymbol", "bio_2", 
"bio_3"), row.names = c(NA, 50L), class = "data.frame") 
# model 
bio2 = data$bio_2 
bio3 = data$bio_3 
colorSymbol = data$colorSymbol 
model = glm(colorSymbol ~ bio2 + bio3, family = binomial) 
# predictors 
w = getData('worldclim', var='bio', res=10) 
rasstack <- stack(w$bio2, w$bio3) 
p <- raster::predict(rasstack, model) 
plot(p) 

Voici ce que je reçois:

Je cherchai en ligne à fond mais ne peut pas obtenir ce qui ne va pas.

Answer 1

Par défaut predict vous donne des résultats sur le lien (logit) échelle plutôt que la réponse (probabilité) échelle: il suffit d'utiliser type="response" pour obtenir des prédictions sur l'échelle de probabilité.

p <- raster::predict(rasstack, model, type="response") 
plot(p)