complotant heatmap ggplot2

Question

3-variables Je travaille actuellement sur un data.frame très simple, contenant trois colonnes:

x contient les coordonnées x d'un ensemble de points,

y contient les coordonnées y du ensemble de points, et

weight contient une valeur associée à chaque point;

Maintenant, en travaillant dans ggplot2 je semble être en mesure de tracer des niveaux de contour pour ces données, mais je n'arrive pas à trouver un moyen de remplir le tracé en fonction de la variable weight. Voici le code que j'ai utilisé:

ggplot(df, aes(x,y, fill=weight)) + 
    geom_density_2d() + 
    coord_fixed(ratio = 1) 

Vous pouvez voir qu'il n'y a aucun remplissage, malheureusement. J'essaie depuis trois jours maintenant, et je commence à être déprimé.

La spécification de fill=weight et/ou color = weight dans l'appel général ggplot n'a abouti à rien. J'ai essayé d'utiliser des geoms différents (tile, raster, polygone ...), toujours rien. J'ai essayé de spécifier le aes directement dans la couche geom, n'a pas fonctionné. Essayé pour convertir l'objet en tant que ppp mais ggplot ne peut pas les gérer, et également en utilisant le tracé de base-R ne fonctionnait pas. Je n'ai honnêtement aucune idée de ce qui ne va pas! Je joins les données des 10 premiers points, qui est espacée sur une grille irrégulière:

x = c(-0.13397460,-0.31698730,-0.13397460,0.13397460,-0.28867513,-0.13397460,-0.31698730,-0.13397460,-0.28867513,-0.26794919) 

y = c(-0.5000000,-0.6830127,-0.5000000,-0.2320508,-0.6547005,-0.5000000,-0.6830127,-0.5000000,-0.6547005,0.0000000) 

weight = c(4.799250e-01,5.500250e-01,4.799250e-01,-2.130287e+12,5.798250e-01,4.799250e-01,5.500250e-01,4.799250e-01,5.798250e-01,6.618956e-01) 

tout conseiller? La sortie souhaitée serait quelque chose le long de ces lignes:

click

Merci à l'avance.

Answer 1

De votre description geom_density ne semble pas correcte.

Vous pouvez essayer geom_raster:

ggplot(df, aes(x,y, fill = weight)) + 
    geom_raster() + 
    coord_fixed(ratio = 1) + 
    scale_fill_gradientn(colours = rev(rainbow(7)) # colourmap 

Answer 2

Voici une deuxième meilleure en utilisant fill=..level... There is a good explanation on ..level.. here.

# load libraries 
    library(ggplot2) 
    library(RColorBrewer) 
    library(ggthemes) 

# build your data.frame 
df <- data.frame(x=x, y=y, weight=weight) 

# build color Palette 
    myPalette <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "Spectral")), space="Lab") 


# Plot 
    ggplot(df, aes(x,y, fill=..level..)) + 
     stat_density_2d(bins=11, geom = "polygon") + 
     scale_fill_gradientn(colours = myPalette(11)) + 
     theme_minimal() + 
     coord_fixed(ratio = 1)