Si vous voulez comparer le code source, puis en utilisant une jolie formatter (par exemple, celui de VS) pour normaliser la mise en forme, vous aurez toujours besoin de gérer l'ordre des membres et des commentaires etc.
Mieux peut-être à utilisez Reflector sur les assemblys compilés. Sélectionnez chaque classe, développez ses méthodes (si vous souhaitez inclure l'implémentation de la méthode dans la comparaison), copiez-collez-la dans un fichier texte, puis comparez les fichiers texte.
Ceci devrait éliminer tous les détails non significatifs (c'est-à-dire pas dans l'assemblage).
(Note, il pourrait y avoir un plugin réflecteur pour le faire directement.)