Exportation de la table d'extrémité Cytoscape

Question

Je suis très novice sur Cytoscape et j'ai ce qui me semble être un problème facile à résoudre. J'utilise la fonctionnalité glisser-déposer de Cytoscape pour construire des réseaux (je traduis essentiellement des photos de réseaux de sentiers d'insectes dans des représentations de Cytoscape - cela facilite beaucoup la construction des réseaux). Le problème est que j'ai besoin d'exporter la table de bord de Cytoscape dans R pour une analyse plus approfondie. Cytoscape exporte un fichier .csv qui a une colonne qui ressemble à ceci:

« Noeud 5 (undirected) Noeud 2 » < - tous dans une seule colonne

Ce que je dois est soit un fichier .csv qui contient soit une matrice d'adjacence ou une liste d'arêtes (où les arêtes sont représentées comme des paires de nœuds, chaque nœud étant dans sa propre colonne). Y a-t-il un moyen facile de faire ceci? Merci d'avance!

Answer 1

Il existe plusieurs solutions:

Le http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter vous permet d'exporter le réseau comme adjecency matrice

Vous pouvez vous connecter directement à Cytoscape de R en utilisant l'interface CyREST: http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest

Vous pouvez remplacer tous (undirected) termes avec un onglet

Hope this helps, Piet