Questions d'affichage NMDS et de symbole ponctuel (végétalien en r)

Question

J'ai réussi à produire des tracés NMDS (monoMDS, bray-curtis, 3 dimensions, modèle local). Chaque point représente un animal et sa composition alimentaire.

J'ai deux questions:

(1) comment puis-je changer la symbologie de points pour montrer 2 niveaux (un ou j) dans 1 colonne (étape de vie) sur le terrain SNDM ?! (2) Comment est-ce que je devrais montrer 3D NMDS, je ne peux pas obtenir les fonctions orgl 3D pour fonctionner sur le complot 3D. Devrais-je faire quelques parcelles montrant des dimensions différentes en 2D? Vous cherchez des idées réfléchies.

Le code:

plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points", 
      xlim = c(-2.0, 2.0),las = 1, ylim = c(-1, 1), 
      xlab = "NMDS Axis 1", ylab = "NMDS Axis 2",mgp = c(3.25, 1, 0), 
      cex.lab = 1.35, cex.axis = 1.25) 

    with(DATA, 
     points(BC.NMDS.length.corr, Class, draw = "points",col = "gray0", 
       show.groups = "Adult",label = TRUE, lty = 1, lwd = 2)) 

Answer 1

En utilisant un exemple de ce que vous voulez avec l'exemple par défaut du package:

 # Load library 
     library(vegan) 
    # Load data 
     data(dune) 
    # Compute the distance 
     dis <- vegdist(dune) 

Indiquez si vous voulez un tracé 3D, la représentation des trois dimensions

 # Run monoMDS 
     m <- monoMDS(dis, model = "loc", k=3) 

    # The 3D representation 
     plot(m) 
    # Load library for 3D representation 
     library(scatterplot3d) 

Les coordonnées sont en m$points; chaque colonne se référant à chaque dimension.

 # Graphical representation 
     scatterplot3d(x=m$points[,1], y=m$points[,2], z=m$points[,3]) 

De plus, si vous voulez colorer les parcelles en fonction d'un facteur, vous pouvez spécifier color=A, où A est une valeur numérique où les groupes sont codifiées.