groupes de capture dans sed

Question

j'ai de nombreuses lignes de la forme

ko04062 ko:CXCR3 
ko04062 ko:CX3CR1 
ko04062 ko:CCL3 
ko04062 ko:CCL5 
ko04080 ko:GZMA 

et aimerait bien se débarrasser du ko: bit de la colonne de droite. Je suis en train d'utiliser sed, comme suit:

echo "ko05414 ko:ITGA4" | sed 's/\(^ko\d{5}\)\tko:\(.*$\)/\1\2/' 

qui sort simplement la chaîne d'origine I echo'd. Je suis très nouveau dans les scripts de ligne de commande, sed, pipes etc, alors s'il vous plaît ne soyez pas trop en colère si/quand je fais quelque chose de très bête.

La principale chose qui me trouble est que la même chose se produit si j'inverse le bit \1\2 pour lire \2\1 ou simplement utiliser un groupe. Cela suppose, je suppose, qu'il me manque quelque chose à propos de la mécanique de la sortie d'écho dans sed, ou que mon expression rationnelle est fausse ou que j'utilise sed mal ou que sed n'imprime pas les résultats de la substitution .

Toute aide serait grandement appréciée!

Answer 1

sed génère son entrée car la substitution ne correspond pas. Puisque vous utilisez probablement GNU sed, essayez ceci:

echo "ko05414  ko:ITGA4" | sed 's/\(^ko[0-9]\{5\}\)\tko:\(.*$\)/\1\2/' 

• \ d -> [0-9] depuis GNU sed ne reconnaît pas \ d {
• } -> \ {\} puisque GNU sed par défaut utilise des expressions régulières de base.

Answer 2

Cela devrait le faire. Vous pouvez également ignorer le dernier groupe et simplement utiliser, \1 à la place, mais puisque vous apprenez sed et regex c'est une bonne chose. Je voulais utiliser un groupe non-capturant au milieu (:?) mais je ne pouvais pas obtenir ça pour jouer avec sed pour une raison quelconque, peut-être que ce n'est pas supporté.

sed --posix 's/\(^ko[0-9]\{5\}\)\(ko:\)\(.*$\)/\1 \3/g' file > result 

Et vous pouvez utiliser ofcourse

sed --posix 's/ko://' 

Answer 3

Vous ne besoin sed pour cette

Voici comment vous pouvez le faire avec bash:

var="ko05414 ko:ITGA4" 
echo ${var//"ko:"} 

$ {var // "ko:"} remplace tout "ko:" par ""

Voir Manipulating Strings pour plus d'infos

Answer 4

@OP, si vous voulez juste pour se débarrasser de "ko", puis

$ cat file 
ko04062 ko:CXCR3 
ko04062 ko:CX3CR1 
ko04062 ko:CCL3 
ko04062 ko:CCL5 
some text with a legit ko: this ko: will be deleted if you use gsub. 
ko04080 ko:GZMA 

$ awk '{sub("ko:","",$2)}1' file 
ko04062 CXCR3 
ko04062 CX3CR1 
ko04062 CCL3 
ko04062 CCL5 
some text with a legit ko: this ko: will be deleted if you use gsub. 
ko04080 GZMA 

jsut une note. Bien que vous puissiez utiliser la substitution pure chaîne de bash, c'est seulement plus efficace quand vous changez une seule chaîne. Si vous avez un fichier, en particulier un gros fichier, utiliser la boucle de lecture de bash est encore plus lent que d'utiliser sed ou awk.