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Je souhaite compiler le paquet hsphase (paquet R disponible dans CRAN).Erreur de compilation du paquet R
J'ai utilisé cette commande dans R install.packages("hsphase").
J'ai les erreurs suivantes:
g++ -m64 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -o hsphase.so FastDist.o MAF.o Ohd.o TypeConversion.o block.o block4Phase.o co.o diag.o hsp.o main.o memory.o oh.o swDetect.o [1] 0 -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -fopenmp -L/usr/lib64/R/lib -lR
g++: error: [1]: No such file or directory
g++: error: 0: No such file or directory
/usr/share/R/make/shlib.mk:6: recipe for target 'hsphase.so' failed
make: *** [hsphase.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘hsphase’
* removing ‘/home/mhf/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/hsphase’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpYukJQa/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("hsphase") :
installation of package ‘hsphase’ had non-zero exit status
J'utilise fedora 24.
Le g ++ version: gcc version 6.1.1 20.160.621 (Red Hat 6.1.1-3) (GCC)
S'il vous plaît vérifier le lien drapeau: ce qui est ceci: [1] 0
Le g ++ est là. Il y a une erreur de liaison. – user1436187
J'ai eu un problème similaire en installant un autre paquet R, et plus tard trouvé que certaines des dépendances pour le paquet requis manquaient, essayez 'install.packages (" hsphase ", dépendances = TRUE)' –
Vous semblez manquer un système- dépendance de niveau; des lignes comme celle-ci - '-specs =/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld' - sont un bon indice. Voir [cette question] (http://stackoverflow.com/questions/34624428/g-error-usr-lib-rpm-redhat-redhat-hardened-cc1-no-that-file-and-directory). – nrussell