Mélange de code R et LaTeX dans un fichier Rnw

Question

J'essaie de mettre en italique un nom scientifique lors de la conversion d'un fichier .Rnw en fichier .tex en utilisant knitr. Je reçois une erreur lors de l'exécution knit. Ceci est mon code contenu dans mon dossier .Rnw (besoins taxize et stringr bibliothèques pour exécuter):

Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum \Sexpr{str_c("Collared Flycatchers (\\textit{", comm2sci(commnames='Collared Flycatcher', db="itis")[[1]], "})")[1]} 

La sortie dans le fichier .tex devrait être:

Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum Collared Flycatchers (\textit{Ficedula semitorquata}) 

Comment puis-je obtenir cette sortie dans le fichier .tex?

Answer 1

Cela fonctionne pour moi

\documentclass{article} 
\begin{document} 
<<message=FALSE>>= 
library("taxize") 
@ 
Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum \textit{\Sexpr{comm2sci(commnames='Collared Flycatcher', db="itis")[[1]][2]}} 
\end{document} 

Est-ce que cela vous donne ce que vous voulez? Regarde bien dans la sortie pdf pour moi.