0
Je ne veux pas d'abord décompresser le fichier vcf.gz parce que c'est un gros fichier et mon ordinateur portable n'a pas d'espace pour cela. J'ai essayé de faire:Existe-t-il un moyen de convertir un fichier vcf.gz directement dans un fichier vcf.bgz?
gunzip -c file.vcf.gz > bgzip -c > file.vcf.bgz
Mais cela n'a pas fonctionné. Pensées?
Vous devez fournir plus de détails que juste « ça n'a pas marché »: Y avait-il un message d'erreur? Y a-t-il une sortie? Cela dit, je suis d'accord avec la réponse de @ Pierre. Ici, vous utilisez un '>' sur la sortie de gunzip, qui redirige vers un fichier (vérifiez que vous n'avez pas créé un fichier appelé 'bgzip', par erreur). Au lieu de cela, ce que vous voulez est de rediriger cela vers "l'entrée standard" du programme 'bgzip', et le tube (' | ') est l'outil correct pour cela. – bli