Bash lire le fichier à un tableau basé sur deux délimiteurs

J'ai un fichier que j'ai besoin d'analyser dans un tableau, mais je veux vraiment seulement une brève partie de chaque ligne et seulement pour les 84 premières lignes. la ligne peut-être parfois:Bash lire le fichier à un tableau basé sur deux délimiteurs

>MT gi...

Et je voudrais juste veux que le MT à être entré dans le tableau. D'autres fois, il pourrait être quelque chose comme ceci:

>GL000207.1 dn...

et je besoin du GL000207.1

Je pensais que vous pourriez être en mesure de mettre deux délimiteurs (étant le « > » et l'autre étant l'espace blanc), mais je ne suis pas sûr de la façon dont vous y arriveriez. J'ai lu des articles d'autres peuples sur le séparateur de champ interne mais je ne suis pas sûr de comment cela fonctionnerait. Je pense que quelque chose comme ça pourrait peut-être fonctionner?

desiredArray=$(echo file.whatever | tr ">" " ") 
for x in $desiredArray 
do 
    echo > $x 
done

Une suggestion?

Source

2012-06-26 Stephopolis

Avez-vous essayé 'cut'? – Wrikken

Euh. En fait, j'ai juste commencé avec Bash comme ... il y a une semaine. J'essaie de l'apprendre pour mon travail. Comment utilisez-vous couper? – Stephopolis

Le shell est généralement médiocre au traitement de texte. Vous pourriez être compliqué avec 'IFS' mais vous feriez mieux d'utiliser' cut' comme suggéré ou 'awk' ou' perl'. – msw

Que diriez-vous:

head -84 <file> | awk '{print $1}' | tr -d '>'

head ne prend que les premières lignes du fichier, awk se déshabille le premier espace et tout ce qui suit, et tr se débarrasse de la « > ».

Source

2012-06-26 19:35:09 twalberg

Donc, essentiellement, ce que dit cette ligne de code ... Du début à la fin 84 d'un fichier particulier, prenez tout avant l'espace et supprimez le>? – Stephopolis

C'est à peu près l'idée, oui. Bien qu'il y ait toujours des lignes où vous ne voulez pas le premier champ entier (moins le '>'), vous auriez besoin de quelques règles supplémentaires, mais les deux cas cités dans la question originale seraient résolus par ce modèle. – twalberg

Je ne suis pas sûr de savoir comment cela fonctionne comme un tableau. Comment feriez-vous référence aux valeurs plus tard? – Stephopolis

Vous pouvez aussi le faire avec sed:

head -n 84 <file> | sed 's/>\([^ ]*\).*/\1/'

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2012-06-26 19:52:18 bcelary

Sauf 'queue -n 84 ' donne les * dernières * lignes du fichier, pas les * premières * – twalberg

o dear :) pas sûr pourquoi je suis entré dans la queue ... réparé maintenant. Merci de m'avoir signalé. – bcelary

pas de soucis ... la plupart d'entre nous utilisent beaucoup plus la queue, c'est donc une erreur naturelle ... – twalberg

Bash lire le fichier à un tableau basé sur deux délimiteurs

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