erreur rpy2 après l'installation du paquet

Question

J'essaie d'utiliser le paquet r appelé "énorme". J'ai un problème dans rpy2 en ce que je suis en train d'installer ce paquet, que le code fonctionne bien en utilisant le code suivant:

import rpy2.robjects.packages as rpackages 

# import R's utility package 
utils = rpackages.importr('utils') 

# select a mirror for R packages 
utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list 

packnames = ('huge') 

# R vector of strings 
from rpy2.robjects.vectors import StrVector 

# Selectively install what needs to be install. 
# We are fancy, just because we can. 
names_to_install = ['huge'] 
if len(names_to_install) > 0: 
    utils.install_packages(StrVector(names_to_install)) 

avec des avertissements seulement, me disant que:

/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: also installing the dependency ‘igraph’ 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/igraph_1.1.2.tar.gz' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Content type 'application/x-gzip' 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: length 3376958 bytes (3.2 MB) 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: = 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: downloaded 3.2 MB 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/huge_1.2.7.tar.gz' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: length 2946819 bytes (2.8 MB) 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: downloaded 2.8 MB 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpOb6GhL/downloaded_packages’ 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ... 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: done 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 

Cependant , lorsque je tente de charger le paquet en utilisant:

rpy2.robjects.packages.importr("huge") 

Je reçois un message d'erreur où il me dit que:

RRuntimeError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-104-843fb8da3355> in <module>() 
----> 1 rpy2.robjects.packages.importr("huge") 

~/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/robjects/packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python, symbol_check_after, data) 
    451  if _package_has_namespace(rname, 
    452        _system_file(package = rname)): 
--> 453   env = _get_namespace(rname) 
    454   version = _get_namespace_version(rname)[0] 
    455   exported_names = set(_get_namespace_exports(rname)) 

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘huge’ 

Quelqu'un pourrait m'aider s'il vous plaît?

Merci

Answer 1

Avez-vous essayé de vérifier la bibliothèque où votre paquet est installé?

J'ai eu le même problème il y a quelques jours et j'ai suivi ces étapes 1. vérifier les chemins de bibliothèque à l'aide .libPaths() dans la R 2. Essayez d'installer les packages dans la console de R à l'aide install.packages (« nom du package ») 3. Vérifiez que le paquet est installé dans les chemins que vous avez obtenus à la suite de l'étape 1 mentionnée ci-dessus. 4. Si elle est installée dans une bibliothèque différente, faites simplement une copie simple des paquets de ce répertoire vers les bibliothèques .libPaths().

R tente de rechercher des bibliothèques dans un endroit par défaut et il vous suffit de mettre les paquets dans le chemin de la bibliothèque par défaut (trouver l'aide .libPaths())

espère que cela aide