Comment utiliser la reconstruction d'arbre NJ dans heatmap.2?

Question

J'utilise la fonction heatmap.2() du paquet gplots R, qui est une fonction formidable.

Cette fonction utilise hlcust pour construire l'arborescence afin de réorganiser les données. Mon problème est que hclust ne peut pas utiliser la méthode Neighbor-Joining pour construire l'arbre.

Ma question est, comment je peux utiliser l'algorithme Nj avec la fonction heatmap.2.

J'ai essayé heatmap.2 (hclustfun = function (x) nj (x)) avec nj() est une fonction du singe paquet pour calculer NJ arbre, mais je la question suivante:

Error in UseMethod("as.dendrogram") : 
    pas de méthode pour 'as.dendrogram' applicable pour un objet de classe "phylo" 

Comment puis-je obtenir un objet dendogram de la fonction nj() qui peut être donné à heatmap.2?

Answer 1

Grand, j'ai trouvé une solution ici:

http://www.polarmicrobes.org/merging-a-phylogenetic-tree-with-a-heatmap-in-r/

Il semble fonctionner sur mes données