ajouter la valeur p ajustée à ggplot avec comparaison

Question

J'ai besoin d'aide pour ajouter la valeur p ajustée (bonferroni par exemple) sur la boîte à moustaches ggplot au lieu de la valeur p. J'ai essayé de le faire avec stat_compare_means du paquet ggpub en utilisant ..p.adj.. sur l'esthétique, mais cela ne fonctionne pas quand j'ajoute la liste de comparaison.

ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + 
    geom_boxplot() + 
    stat_compare_means(aes(label=..p.adj..), 
        comparisons = list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z"))) 

Answer 1

Comment à ce sujet;

library(ggplot2) 
library(ggpubr) 
mydf <- data.frame(A=1:300, B=rep(c("x","y","z"),100)) 
my_comparisons<- list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z")) 

p<- ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + geom_boxplot() + 
    theme_bw()+ 
    stat_compare_means(aes(label=..p.adj..), comparisons = my_comparisons, 
        label.x = 1.5, label.y = 300) 
# Add p-value 
p + stat_compare_means(label.y = 280, label.x = 1.2) 

# Change method 
p + stat_compare_means(method = "anova", label.y = 260, label.x = 2.2) 

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