Impossible de générer des tracés interactifs dans le rapport Rmarkdown

Question

J'ai un document Rmarkdown avec un tracé réalisé avec plotly et j'aimerais générer un fichier html. Il fonctionne quand je clique sur Tricotez en HTML dans rstudio, mais pas quand j'exécutez la commande suivante sur la ligne de commande:

Rscript -e "require(knitr)" -e "require(markdown)" -e "knit('Untitled.Rmd', out='report.md')" -e "markdownToHTML('report.md', 'report.html')" 

Après cela, je dispose d'un fichier de report.html qui contient le tracé généré avec plotly , mais ce n'est pas interactif. Est-ce que quelqu'un sait comment le rendre interactif avec la ligne de commande?

Merci

Ce code, BTW:

--- 
title: "Untitled" 
output: html_document 
--- 

```{r setup, include=FALSE} 
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) 
``` 

## R Markdown 

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>. 

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this: 

```{r cars} 
summary(cars) 
``` 

## Including Plots 

You can also embed plots, for example: 

```{r pressure_ggplot, echo=FALSE} 
library(ggplot2) 
library(plotly) 
ggplot(pressure,aes(temperature,pressure))+geom_point(size=10,color='red') 
``` 

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot. 
```{r pressure_plotly, echo=FALSE} 

g<-ggplot(pressure,aes(temperature,pressure))+geom_point(size=10,color='red') 
ggplotly(g) 
``` 
```{r} 
sessionInfo() 
``` 

Answer 1

Essayez:

Rscript -e "library(knitr); library(rmarkdown); rmarkdown::render('untitled.Rmd', output_file='report.html')"

Raisonnement: tricot semble par défaut Markdown sortie et démarquage ne peut pas contenir du code HTML. Ainsi, lors de la conversion, vous vous retrouvez avec des fichiers manquants (vous pouvez voir ces erreurs si vous supprimez echo=FALSE des ouvertures de bloc de code.

rmarkdown::render([...]) rend propre à HTML, en évitant les problèmes mentionnés ci-dessus. Si vous souhaitez spécifier la sortie format, vous pouvez le faire en utilisant l'argument output_format