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Un serveur mongo va lire les données à partir de fichiers trouvés sur un chemin spécifique. Un serveur de configuration mongod, à partir d'un cluster fragmenté, lira des données à partir d'un endroit différent du serveur de données, il a ses propres fichiers de données qui stockent des métadonnées de morceaux. En fonction du moteur de stockage utilisé, les données seront écrites dans des fichiers jusqu'à 2 Go sur le moteur MMAPv1 ou des fichiers plus volumineux dans le moteur Wired Tiger.