Veuillez vérifier la commande R

que je fais suit dans la bibliothèque Cooccur R.
Veuillez vérifier la commande R

> fb<-read.table("Fb6_peaks.bed") 
> f1<-read.table("F16_peaks.bed")

tout est ok avec les deux premières commandes et je peux aussi afficher les données:

> fb 
> f1

Mais quand je donne la commande suivante comme indiqué ci-dessous

> explore_pairs(c("fb", "f1"))

Je reçois une erreur message:

 
Error in sum(sapply(tf1_s, score_sample, tf2_hits = tf2_s, hit_list = hit_l)) : 
    invalid 'type' (list) of argument

Quelqu'un pourrait-il suggérer quelque chose?

Source

2011-08-19 Angelo

Mon R est rouillé, mais vouliez-vous écrire 'explore_pairs (c (fb, f1))' sans les guillemets, peut-être? –

Cela ne fonctionne pas sans guillemets. – Angelo

Quel est le paquetage explore_pairs? Un google rapide et la recherche de cran ne jettent aucune lumière sur ce que vous utilisez; si vous pouvez donner un lien vers la page d'aide, nous serons en mesure de voir les détails de la méthode – ChrisW

Malgré promettre de publier une version au dépôt Bioconductor dans the article the authors published over a year ago, ils n'ont toujours pas livré. Le fichier gz attaché à l'article n'est pas un formulaire que mon installation reconnaît. Vous devriez vraiment correspondre avec les auteurs pour cette question.

La nature du message d'erreur suggère que la fonction attend une classe de données différente. Vous devriez regarder la spécification des arguments dans le fichier help(explore_pairs). Si vous attendez 2 matrices, entourer les arguments data.matrix peut résoudre le problème, mais si vous attendez une classe créée par l'une de ces fonctions packages, vous devez prendre l'étape nécessaire pour construire les bons objets.

Le fichier d'aide explore_pairs existe (au moins dans le répertoire MAN) et dit que le premier argument doit être un vecteur de caractère avec réserve en outre:

\arguments{ 
     \item{factornames}{an vector of character strings, each naming a GFF-like 
     data frame containing the binding profile of a DNA-binding factor.

Il y a aussi un utilitaire de chargement, load_GFF, qui Je suppose est conçu pour la création de ces fichiers.

Source

2011-08-19 13:23:16

Eh bien, je l'ai installé et j'ai écrit à l'auteur ... – Angelo

Ok, merci. Je vais le voir. Il n'est pas du tout convivial :( – Angelo

Je n'ai pas dit que cela ne fonctionnait pas, mais seulement qu'il ne convenait pas d'installer "out of the box" sur ma configuration graphique. –

Essayez de renommer votre bloc de données: nom (fb) = c ("seq", "start", "fin")

Vérifiez les ensembles de données par exemple. Les noms des colonnes sont comme ci-dessus. J'ai mis les noms et ça a marché.

Source

2015-01-16 23:52:51 AAAL

Veuillez vérifier la commande R

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