2016-11-09 1 views
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Je tente de charger une ontologie (test.owl) qui inclut bfo.owl. versions des API utilisées:"Impossible d'analyser l'ontologie" inclus dans une autre ontologie (owl-api)

OWL-API 3.4.3

ermite 1.3.8.4

Il est possible d'ouvrir l'ontologie de test avec 5. Mais Protégé lorsque je tente de test de charge. hibou avec mon code, j'obtiens le message d'erreur ci-dessous, que je ne comprends pas. Y at-il quelqu'un là-bas qui peut m'aider à comprendre le message et à trouver un moyen de charger l'ontologie?

org.semanticweb.owlapi.model.UnloadableImportException: Impossible de charger l'ontologie importée: http://purl.obolibrary.org/obo/bfo/2014-05-03/bfo.owl Cause: Problème analyse syntaxique http://purl.obolibrary.org/obo/bfo/2014-05-03/bfo.owl

Could not parse ontology. Either a suitable parser could not be found, or parsing failed. See parser logs below for explanation. 
The following parsers were tried: 
1) RDFXMLParser 
2) OWLXMLParser 
3) OWLFunctionalSyntaxOWLParser 
4) TurtleOntologyParser 
5) OWLOBOParser 
6) KRSS2OWLParser 
7) ManchesterOWLSyntaxOntologyParser 


Detailed logs: 
-------------------------------------------------------------------------------- 
Parser: RDFXMLParser 
org.xml.sax.SAXParseException; systemId: http://purl.obolibrary.org/obo/bfo/2014-05-03/bfo.owl; lineNumber: 1; columnNumber: 50; Leerstellen erforderlich zwischen publicId und systemId. 

-------------------------------------------------------------------------------- 
Parser: OWLXMLParser 
org.xml.sax.SAXParseException; systemId: http://purl.obolibrary.org/obo/bfo/2014-05-03/bfo.owl; lineNumber: 1; columnNumber: 50; Leerstellen erforderlich zwischen publicId und systemId 

Désolé pour avoir la deuxième partie du message d'erreur dans un style différent - mais comme Je ne suis pas autorisé à avoir plus de 2 liens dans un texte (en raison d'un manque de réputation) et je voulais toujours que vous puissiez tester le lien vers bfo.owl, je devais être créatif.

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Owlapi 3.4 est ancien et de nombreux bugs ont été corrigés depuis. Protégé 5 utilise 4.2.5.

Il existe une version HermiT compatible avec owlapi 4, recherchez Maven Central pour la version 1.3.8.413 (j'ai organisé la fourche, elle est publiée sous net.sourceforge.owlapi).

Ceci est également la version Ermite livré avec Protege 5.

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Voulez-vous suggérer OWLAPi 4.2.5 avec Ermite 1.38.413? J'ai migré mon code vers ces versions et maintenant, l'ontologie se charge mais elle est vide ([Axiomes: 0 Axiomes logiques: 0] Les 20 premiers axiomes: {}) bien qu'il devrait contenir bfo; Quand je charge une ontologie qui n'inclut pas une autre ontologie, elle montre le bon nombre d'axiomes, etc. –