Oui, totalement vous pouvez le faire.
Lorsque vous incluez le fichier javascript généré pour être utilisé dans l'application A, vous devez spécifier le chemin d'application B (où le servlet DWR est déployée) comme suit:
<script type='text/javascript' src='[application B path]/dwr/interface/[javascript class name].js'></script>
[application B path]
serait quelque chose comme http://my-domain.com/AppB
[javascript class name]
serait aussi delcared dans dwr.xml sur l'application B
<create creator="new" javascript="[javascript class name]">
<param name="class" value="com.my-domain.Class"/>
</create>
et vous pouvez utiliser toutes les classes de javascript de base comme suit:
<script type='text/javascript' src='[application B path]/dwr/engine.js'></script>
<script type='text/javascript' src='[application B path]/dwr/util.js'></script>