Incorporation d'une liste de graphiques dans un rapport html Rmarkdown

Question

Il me manque quelque chose de très simple, alors j'espère que ce sera une solution facile.

Je produis une liste de heatmaps plotly dans un bloc de code Rmarkdown et je veux ensuite les intégrer dans le rapport à l'étape suivante, en boucle.

Je suis en train:

--- 
title: "test" 
output: html_document 
--- 

```{r setup, include=FALSE,echo=FALSE} 
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE,out.width='1000px',dpi=200,fig.keep="all") 
options(width = 1000) 
options(knitr.table.format = "html") 

suppressPackageStartupMessages(library(dplyr)) 
suppressPackageStartupMessages(library(plotly)) 
suppressPackageStartupMessages(library(knitr)) 
``` 


```{r heatmaps, include=FALSE,echo=FALSE} 
set.seed(1) 
heatmaps.list <- vector(mode="list",3) 
for (i in 1:3) heatmaps.list[[i]] <- plot_ly(z = matrix(rnorm(10000),100,100), type = "heatmap") 
``` 

```{r plots, include=FALSE,echo=FALSE} 
for (i in 1:3){ 
    heatmaps.list[[i]] 
    cat("\n") 
} 
``` 

Malheureusement, ce n'est pas noyant les heatmaps bien qu'ils soient produits dans le bloc de code heatmapsRmarkdown.

Si j'essayer avec base intrigue est semble fonctionner:

```{r heatmaps, include=FALSE,echo=FALSE} 
set.seed(1) 
hist.list <- vector(mode="list",3) 
for (i in 1:3){ 
    hist.list[[i]] <- hist(rnorm(10000),plot=F) 
} 
``` 

```{r plot, warning=FALSE,message=FALSE,echo=FALSE} 
for (i in 1:3){ 
    plot(hist.list[[i]]) 
    cat("\n") 
} 
``` 

Answer 1

je reçois la même erreur, même avec une configuration plus simple

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output: html_document 
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```{r setup} 
suppressPackageStartupMessages(library(plotly)) 

# this works 
plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap") 

# this does not 
set.seed(1) 
for (i in 1:3) 
    plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap") 
``` 

Le fait que vous souhaitez enregistrer les parcelles ab les objets n'est pas le problème, c'est la boucle. La réponse de here est d'utiliser

htmltools::tagList(as_widget(plot1), as_widget(plot2)) 

à la place. Pour mon exemple minimal, ce serait.

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output: html_document 
--- 

```{r setup} 
suppressPackageStartupMessages(library(plotly)) 

# now it works 
set.seed(1) 
l <- htmltools::tagList() 
for (i in 1:3) 
    l[[i]] = as_widget(plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap")) 
l 
``` 

Malheureusement, je n'ai pas le représentant pour marquer les doublons.