Je voudraisExécution BLAST requêtes avec biopython
Comment puis-je faire cela dans BioPython?
Sure can - the tutorial explique comment exécuter localement BLAST et avec le NCBI et comment analyser les résultats. Je vais laisser la mise en œuvre réelle comme un exercice pour vous!
from Bio.Blast import NCBIWWW
fasta_string = open("myfasta").read()
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
print result_handle.read()
Au-dessus myfasta est votre fichier seq personnalisé qui est prévu pour Internet BLAST
vous pouvez jouer plus tard avec result_handle en utilisant NCBIXML que vous souhaitez (par exemple pour obtenir les 100, supprimer les doublons)
Ok Merci. Savez-vous aussi pourquoi je ne peux pas importer de Bio dans python2.6 quand je peux le faire dans python2.5? – Jon
pourquoi ne pas ouvrir une autre question à ce sujet? p.s. vous devriez accepter la réponse de David si vous pensez que c'est correct. – dalloliogm