2017-06-05 2 views
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En utilisant le progiciel RISmed-R pour automatiser la récupération de données (résumé/auteur/affiliation etc.) de Medline, je ne peux pas récupérer plusieurs affiliations en utilisant la méthode Affiliation() . Seule l'affiliation d'un premier auteur est récupérée même si plusieurs sont disponibles. Depuis le https://www.nlm.nih.gov/bsd/mms/medlineelements.html#ad , il semble qu'après décembre 2014, plusieurs affiliations soient incluses dans le champ d'affiliation. De manière analogue, la méthode Author() récupère une liste qui contient plusieurs trames de données représentant toutes les données d'auteur. Est-ce que quelqu'un sait si la méthode Affiliation() peut faire la même chose?Récupération de plusieurs affiliations d'auteur à l'aide de RISmed depuis l'objet Medline

Par exemple: Lors de la récupération des affiliations pour: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28578058 noter à partir du lien qu'il y a 4 affiliations différentes. Lors de l'exécution du code ci-dessous, seul le premier est renvoyé:

 library(RISmed) 
     RetrievePub <- EUtilsGet(28578058) 

     #Retrieve authorship 
     AData <- data.frame(Author(RetrievePub)) 
     Results_Authors = paste(paste(AData$ForeName, AData$LastName), 
      collapse = " | ") #flatten data frame into string 
     print(Results_Authors) 

     #Retrieve affiliation 
     Results_PubAffiliation = Affiliation(RetrievePub) 
     print(Results_PubAffiliation) 
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Il serait plus facile de vous aider si vous fournissiez un simple [exemple reproductible] (https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example) avec le code vous avez essayé jusqu'ici. – MrFlick

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merci, vient d'ajouter @MrFlick – RobC

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RISmed Version 2.1.6 a seulement renvoyé l'Affiliation pour le premier auteur. La dernière version (2.1.7) fournit maintenant la liste de toutes les affiliations dans le même ordre que la liste des auteurs. Ceci est maintenant disponible au https://github.com/skoval/RISmed et peut être installé avec devtools. Il devrait être disponible à partir du CRAN le lendemain.

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super, merci! – RobC