Comment itérer sur les noms de colonnes avec PyTable?

Question

J'ai une grande matrice (15000 lignes x 2500 colonnes) stockée à l'aide de PyTables et de voir comment itérer sur les colonnes d'une rangée. Dans le documentation je vois seulement comment accéder à chaque rangée par son nom manuellement.

J'ai des colonnes comme:

• ID
• X20160730_Day10_123a_2
• X20160730_Day10_123b_1
• X20160730_Day10_123b_2

La valeur de la colonne ID est une chaîne comme '10692.RFX7', mais tous les autres les valeurs de cellule sont des flottants. Ce travaux de sélection et je peux parcourir les lignes de résultats, mais je ne peux pas voir comment parcourir les colonnes et vérifier leurs valeurs:

from tables import * 
import numpy 

def main(): 
    h5file = open_file('carlo_seth.h5', mode='r', title='Three-file test') 
    table = h5file.root.expression.readout 

    condition = '(ID == b"10692.RFX7")' 
    for row in table.where(condition): 
     print(row['ID'].decode()) 

     for col in row.fetch_all_fields(): 
      print("{0}\t{1}".format(col, row[col])) 

    h5file.close() 

if __name__ == '__main__': 
    main() 

Si je viens itérer rien « pour col dans la ligne » arrive. Comme le code est au-dessus, je reçois une pile:

10692.RFX7 
Traceback (most recent call last): 
    File "tables/tableextension.pyx", line 1497, in tables.tableextension.Row.__getitem__ (tables/tableextension.c:17226) 
KeyError: b'10692.RFX7' 

During handling of the above exception, another exception occurred: 

Traceback (most recent call last): 
    File "tables/tableextension.pyx", line 126, in tables.tableextension.get_nested_field_cache (tables/tableextension.c:2532) 
KeyError: b'10692.RFX7' 

During handling of the above exception, another exception occurred: 

Traceback (most recent call last): 
    File "./read_carlo_pytable.py", line 31, in <module> 
    main() 
    File "./read_carlo_pytable.py", line 25, in main 
    print("{0}\t{1}".format(col, row[col])) 
    File "tables/tableextension.pyx", line 1501, in tables.tableextension.Row.__getitem__ (tables/tableextension.c:17286) 
    File "tables/tableextension.pyx", line 133, in tables.tableextension.get_nested_field_cache (tables/tableextension.c:2651) 
    File "tables/utilsextension.pyx", line 927, in tables.utilsextension.get_nested_field (tables/utilsextension.c:8707) 
AttributeError: 'numpy.bytes_' object has no attribute 'encode' 
Closing remaining open files:carlo_seth.h5...done 

Answer 1

Vous pouvez accéder à une valeur de colonne par son nom dans chaque ligne:

for row in table: 
    print(row["10692.RFX7"]) 

itérer sur toutes les colonnes:

names = table.coldescrs.keys() 
for row in table: 
    for name in names: 
     print(name, row[name])