Appelez la bibliothèque R DirichletReg à partir de Python en utilisant rpy2

Question

J'essaie de faire une régression de Dirichlet en utilisant Python. Malheureusement, je ne peux pas trouver un paquet Python qui fait le travail. J'ai donc essayé d'appeler la bibliothèque R DirichletReg en utilisant rpy2. Cependant, il n'est pas très intuitif pour moi comment appeler une fonction de régression telle que DirichReg(Y ~ X1 + X2 + X3, data=predictorData) où Y = DR_data(compositionalData). J'ai vu un exemple d'appeler la fonction de régression linéaire lm dans la documentation de rpy2. Mais mon cas est légèrement différent car Y n'est pas un nom de colonne dans la table mais un objet R DR_data.

Je me demande quelle est la bonne façon de procéder, ou s'il existe un paquet Python pour Dirichlet Regression.

Answer 1

Vous pouvez envoyer des objets dans l'environnement "Formula" à partir de python. Cet exemple provient des documents rpy2:

import array 
from rpy2.robjects import IntVector, Formula 
from rpy2.robjects.packages import importr 
stats = importr('stats') 

x = IntVector(range(1, 11)) 
y = x.ro + stats.rnorm(10, sd=0.2) 

fmla = Formula('y ~ x') 
env = fmla.environment 
env['x'] = x 
env['y'] = y 

fit = stats.lm(fmla) 

Vous pouvez également créer des variables nommées dans l'environnement R (en dehors de la formule). Voir here. Dans le pire des cas, vous déplacez vos données python dans R via rpy2, puis vous émettez les commandes directement dans R via le pont rpy2 comme décrit here.