Naies Bayees en klaR et caret

Question

J'applique Naive Bayes à un jeu de données jouet en utilisant le paquet klaR et tout fonctionne bien.

Ensuite, je veux reproduire la même analyse avec caret utilise method="nb", qui est en effet que d'une enveloppe pour la fonction NaiveBayes dans le package klaR.

Cependant, cette dernière estimation ne fonctionne pas. Je reçois un message d'erreur. Je connais les limites de l'ensemble de données sur les jouets. Cependant, comme l'analyse avec le paquet klaR fonctionne, je me demande comment reproduire exactement la même analyse avec caret?

Voici le code:

# Data 
d <- structure(list(Y = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 1L), .Label = c("0", "1"), class = "factor"), x1_disc = structure(c(1L, 
2L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L, 5L, 2L, 4L), .Label = c("_02", "_24", 
"_46", "_68", "_810"), class = "factor"), x2_disc = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 2L), .Label = c("_02", "_24", 
"_46"), class = "factor")), .Names = c("Y", "x1_disc", "x2_disc" 
), row.names = c(NA, -10L), class = "data.frame") 



# Works(klaR) 
library(klaR) 
fit2 <- NaiveBayes(Y ~ x1_disc + x2_disc, usekernel = FALSE, fL = 0, data=d) 
predict(fit2, d, threshold = 0) 


# Does not work (caret) 
library(caret) 
model2 <- train(form=Y ~ x1_disc + x2_disc, 
       data=d, 
       method="nb", 
       # Uses package klaR 
       # (see: http://topepo.github.io/caret/train-models-by-tag.html) 
       trControl=trainControl(method="none"), 
       tuneGrid = data.frame(fL=0, usekernel=F, adjust=1)) 

predict(model2, d, type="prob") 

Answer 1

Je fais mon commentaire dans une réponse car il a résolu votre problème en partie. Je suis tombé sur cette croix Validé answer qui a suggéré d'exécuter le modèle caret sans l'interface de formule S3 qui serait dans votre cas:

model2 <- train(y=d$Y, x=d[, 2:3], ...) 

Je ne sais pas la raison exacte pour laquelle cela fait l'affaire, et il est probablement une explication différente que pour la question CV car ils n'ont pas eu l'erreur.