Utiliser "snakemake --config" pour passer des drapeaux à une commande

Question

J'ai lu le tutoriel Snakemake et il est clair pour moi comment utiliser "snakemake --config ..." pour modifier les paramètres, et ceux-ci sont transmis au commande en cours d'exécution. Puis-je utiliser "--config" pour passer un drapeau à une commande? Par exemple, puis-je écrire un Snakefile qui va exécuter l'une de ces commandes, en utilisant "--config"?

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa 

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa -msf 

Answer 1

Oui, à partir d'une définition de commande shell dans Snakemake, vous pouvez directement accéder config:

rule a: 
    input: ... 
    output: ... 
    shell: 
     "muscle -in {input} -out {output} {config[muscle-params]}" 

Étant donné que vous par exemple invoquer snakemake --config muscle-params="-msf" ou (encore mieux) avoir la clé définie dans votre fichier de configuration.