clustering hiérarchique matrice de distance donnée

Question

Étant donné une matrice de distance

d = matrix(c(0,2.5,4.5,2.5,0,3.4,4.5,3.4,0), nrow=3), 

comment faire le regroupement hiérarchique en utilisant R? En utilisant

hclust(d) 

il m'a été donné l'erreur

Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : missing value where TRUE/FALSE needed. 

Answer 1

Vous devez le convertir en un objet avec dist,

d1 = as.dist(d) 
hclust(d1) 

---

Si vous examinez d1

R> str(d1) 
Class 'dist' atomic [1:3] 2.5 4.5 3.4 
    ..- attr(*, "Size")= int 3 
    ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = d) 
    ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE 
    ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE 

Vous pouvez voir que R est intelligent avec ce qu'il stocke; il ne nécessite que la matrice triangulaire inférieure.