Trame de données vide lors du calcul des données d'ellipse avec ordiellipse de végétalien pour ggplot

Question

J'essaye de grouper des points de données d'un NMDS dans ggplot en ajoutant des ellipses en utilisant la fonction ordiellipse suivant le conseil utile de this post. Cependant, bien que je n'obtiens pas de messages d'erreur ou d'avertissements, le calcul des données d'ellipse produit une trame de données vide. L'ensemble de données est disponible here, et mon code est le suivant:

library(vegan) 
library(ggplot2) 

setwd("C:") 
veg_matrix <- read.csv("161019_vegetation_matrix.csv",header=T); veg_matrix[2:123] <- lapply(veg_matrix[2:123],as.character); veg_matrix[2:123] <- lapply(veg_matrix[2:123],as.numeric) 
rownames(veg_matrix) <- veg_matrix[,1]; veg_matrix <- veg_matrix[,-1] # remove non-numeric rownames (=plot codes) from dataset 
speciescomp_NMDS = metaMDS(veg_matrix, k=2, trymax=100, distance="raup", na.rm=T) 
plot(speciescomp_NMDS,display="sites",type="n") 

# add grouping data 
plot_scores <- as.data.frame(scores(speciescomp_NMDS)) 
plot_scores$plot <- rownames(plot_scores);plot_scores <- cbind(plot_scores,data.frame(matrix(unlist(strsplit(plot_scores$plot,"_")),nrow=24,byrow=T)))[,-3]; colnames(plot_scores)[c(3,4)] <- c("summit","aspect") 
plot_scores$group <- "" 
plot_scores$group[plot_scores$summit=="BUF"|plot_scores$summit=="SES"] <- "low" 
plot_scores$group[plot_scores$summit=="CHA"|plot_scores$summit=="MIN"] <- "intermediate" 
plot_scores$group[plot_scores$summit=="CUO"|plot_scores$summit=="GAJ"] <- "high" 
plot_scores$group <- transform(plot_scores, as.factor(plot_scores$group)) 

# compute ellipse data 
ord <- ordiellipse(speciescomp_NMDS,plot_scores$group,display = "sites", kind = "sd", conf = .95, label=T) 

f_ellipse <- function (cov, center = c(0, 0), scale = 1, npoints = 100) 
{ 
    theta <- (0:npoints) * 2 * pi/npoints 
    Circle <- cbind(cos(theta), sin(theta)) 
    t(center + scale * t(Circle %*% chol(cov))) 
} 

df_ell_level <- data.frame() 
for(g in levels(plot_scores$group)){ 
    if(is.null(ord[[g]])) next 
    df_ell_level <- rbind(df_ell_level, 
        cbind(as.data.frame(with(plot_scores[plot_scores$group==g,], 
              f_ellipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale))) 
         ,level=group)) 
} 

Toutes les idées sur la façon de traiter celui-ci sera chaudement apprécié!

Answer 1

d'abord convertir group à un facteur

plot_scores <- transform(plot_scores, group = as.factor(group)) 

Si nous fixons maintenant votre boucle être:

df_ell_level <- data.frame() 
for(g in levels(plot_scores$group)){ 
    if(is.null(ord[[g]])) next 
    df_ell_level <- 
    rbind(df_ell_level, 
      cbind(as.data.frame(f_ellipse(ord[[g]]$cov, ord[[g]]$center, ord[[g]]$scale)), 
       level=g) 
     ) 
} 

Puis-je obtenir une trame de données avec 301 lignes. Mais j'ai coupé beaucoup de votre code inutile de l'appel, et vous ne voulez vraiment pas être ensemble dans une boucle comme ceci.