Comment ajuster la gamme de couleurs dans heatmap.2

Question

J'essaie de tracer le heatmap en utilisant le langage R. Après avoir tracé le graphique de la carte thermique, j'ai trouvé que ma carte thermique n'était pas appropriée pour l'interprétation parce que la plage de la clé de couleur n'était pas bien ajustée.

Comme vous pouvez le voir ci-dessous, la plage de touches de couleur était très longue par rapport aux distributions de mes données (elles sont comprises entre zéro et quatre). Par conséquent, toutes les couleurs dans le heatmap étaient vertes.

Comment résoudre ce problème?

Voici mes codes. (j'ai essayé de chercher des solutions, mais je ne ai pas trouver fil approprié pour mon cas.)

library(gplots) 
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE)) 
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete") 
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean") 
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix))) 
gr.col <- cutree(cl.col, 4) 
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8) 

Answer 1

Assurez-vous de définir n à la bonne longueur dans l'exemple suivant:

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "blue", "green"))(n = 100) 

heatmap.2(as.matrix(matrix), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
     dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")