Non, non, non. Vous ne "retournez" pas au code Java pour le modifier. Vous déboguez, testez et modifiez simplement le code Java. Vous ignorez le code dans les fichiers javascript compilés, sauf pour le déployer. En ce qui vous concerne, le code source GWT est un code Java, pas javascript, écrit dans la restriction environnementale du navigateur. Votre question est comme si vous demandiez: "J'ai une application C qui est compilée en code objet, dois-je modifier le code de l'objet ou revenir au code C pour le modifier?" !!!
Vous traitez simplement le javascript généré comme "code natif". Vous pouvez sans doute inclure javascript en utilisant jsni, et vous pouvez donc inclure le code d'assemblage en utilisant C. Donc, sauf pour le code d'assemblage que vous injectez et de même que le code javascript que vous incluez, vous laissez le "code natif" seul.
Lorsque vous essayez de modifier le code objet généré à partir de C, cela s'appelle le piratage. Le piratage est un passe-temps intéressant mais lorsque vous souhaitez créer une application et que votre tâche principale n'est pas le «piratage», le piratage ne serait que votre activité extrascolaire non liée à votre emploi ou projet principal.