Je crains que je ne peux pas offrir une solution pour AutoFac, mais vous pourriez peut-être envisager d'utiliser Ninject (Github Download) à la place? Il fonctionne avec des zones si vous prenez la dernière extension extension Ninject MVC de Github.
Au moment de cette publication, il y a un petit bogue dans l'extension MVC qui provoque parfois une double inscription des types et entraîne des erreurs de résolution du contrôleur. La solution rapide consiste simplement à reconstruire le pool d'applications dans IIS. Après avoir parlé avec le développeur récemment, il semble que le problème ait été résolu et que ce soit juste une question de temps avant de mettre à jour les sources.
Cela devrait fonctionner à partir des dernières éditions Autofac (2.4+). –