J'ai rencontré un problème en essayant de résoudre un ODE en r. J'ai un paramètre Q qui quand il devient plus grand que l'autre paramètre h arrête de couler dedans. l'ODE fonctionne très bien jusqu'à ce qu'il arrive au point où le commutateur se produit, puis arrête la course et me donne le message:commutateurs binaires dans desolve
DLSODA- At current T (=R1), MXSTEP (=I1) steps
taken on this call before reaching TOUT
In above message, I1 = 5000
In above message, R1 = 6.65299
Warning messages:
1: In lsoda(y, times, func, parms, ...) :
an excessive amount of work (> maxsteps) was done, but integration was
not successful - increase maxsteps
2: In lsoda(y, times, func, parms, ...) :
Returning early. Results are accurate, as far as they go
le code est ci-dessous
parameters <- c(
a = 0.032,
b = (9/140),
c = (5/1400),
d = (95/700),
k = 1/140,
i = 0.25,
# r = 0.2,
n = 6000000,
x = 0.5 ,
y = 0.4,
t = 1/180, # important in looking at the shape
u = 1/180, # important in looking at the shape
v = 1/360, # important in looking at the shape
p = 10,
s = 10000,
g = 100
# e = .4,
#h = 1000
)
state <- c(
S = 5989900,
E = 0,
I = 0,
Q = 0,
D = 100,
B = 0,
C = 100,
Y = 100,
H = 1000,
R = 1000,
J = 1000,
h = 1000,
e = 0.1,
r = 0.1
)
equation <- (function(t, state, parameters)
with(as.list(c(state, parameters)), {
# rate of change
dS <- (-(a * S * I)/n) - (((1/r) * S * D)/n)
dE <- (a * S * I)/n + (((1/r) * S * D)/n) - i * E
if (h > Q)
j = 1
else if (h <= Q)
j = 0
dI <- i * (j) * E - (e) * I - c * I - d * I
dQ <- (j) * (e) * I - b * Q - k * Q
dD <- d * I - r * D
dB <- b * Q + r * D
dC <- c * I + k * Q
dY <- p * (b * Q + r * D)
dR <- (1 - x - y) * (p * (b * Q + r * D)) - t * (R)
de <- t * (s/R)
dJ <- (y) * (p * (b * Q + r * D)) - v * (J)
dr <- v * (s/J)
dH <- (x) * (p * (b * Q + r * D)) - u * (H)
dh <- u * (H/g)
# return the rate of change
list(c(dS, dE, dI, dQ, dD, dB, dC, dY, dR, de, dJ, dr, dH, dh))
}))
#
# solve the equations for certain starting parameters
library(deSolve)
times <- seq(0, 200, by = 1)
out <-
ode(y = state,
times = times,
func = equation,
parms = parameters
)
D'abord, essayez d'augmenter le nombre maximum d'étapes. 'out <- ode (y = état, times = temps, func = équation, parms = paramètres, maxsteps = 1e5)'. Si cela ne fonctionne pas, pensez à utiliser une fonction qui lisse quelque peu la transition au lieu d'avoir une limite dure, avec laquelle les solveurs numériques peuvent avoir un problème. – Lyngbakr
Lyngbakr comment iriez-vous faire lisser la transition? Avez-vous des exemples? J'ai juste essayé d'augmenter les étapes maximum et cela n'a pas fonctionné malheureusement. – angusr
Je vais le mettre comme une réponse afin qu'il soit lisible ... – Lyngbakr