Le stockage des données de R vers DB2 ne fonctionne pas

Question

J'ai un problème étrange avec la connectivité DB2 et R. Je peux accéder à la base de données, interroger les données mais je ne peux pas les stocker depuis R. J'utilise le paquet RODBC de R. J'ai suivi le guide écrit ici https://www.ibm.com/developerworks/data/library/techarticle/dm-1402db2andr/index.html techniquement ce paquet crée une instruction "INSERT INTO" à partir de l'objet R et l'exécute sur DB2 pour stocker les données de R. (J'ai les informations d'identification nécessaires pour exécuter ces opérations sur la base de données.)

Ce que j'ai essayé est le suivant (j'utilise R et SQuirreL - http://squirrel-sql.sourceforge.net/ - ensemble pour tester plus de one way):

Création d'une table de test avec 3 colonnes et 25 enregistrements avec SQuirreL. Ensuite, je interroge cette table à partir de R. J'essaie de sauvegarder le premier enregistrement de l'ensemble de données résultant (à partir de 2) dans la même table. Ensuite, je interroge la table à partir de R - avec la ligne ajoutée. Ensuite, je demande à SQuirreL. Le problème se produit ici, alors que je suis connecté à R et après l'INSERT. En (4) je vois l'enregistrement ajouté, mais je ne peux pas l'interroger à partir de SQuirreL (5). Il semble que R ait verrouillé toute la table. Il n'est pas résolu lorsque je me déconnecte de la base de données avec R, je reçois aussi 2 messages d'erreur (je suppose que ceux-ci sont liés). Lorsque je quitte R, il est résolu et je peux interroger ma table à partir de SQuirreL, mais l'enregistrement ajouté disparaît.

J'ai essayé d'exécuter la même instruction SQL à partir de SQuirreL qui est envoyée par R. Je n'obtiens aucun message d'erreur et l'enregistrement est ajouté. Par conséquent, la méthode utilisée par R devrait fonctionner. Je ne sais pas d'où ça va.

J'ai joint un exemple de données de ma table et le script R utilisé (messages d'exécution inclus). Voici l'instruction CREATE TABLE. La table n'a pas encore d'index ou de clés, donc l'ajout d'un enregistrement en double n'est pas interdit.

 create table dm_quant.test (
     r_date   date, 
     cid    varchar(255), 
     priv_person  varchar(255) 
    ); 

Avez-vous rencontré les mêmes difficultés? Si oui, comment puis-je le résoudre?

Merci d'avance!

#connect-to-db2 
    rm(list=ls(all=TRUE)) 
    gc(reset = TRUE) 

    require(RODBC) 

    dsn_name <- "DB2_DB" 
    user <- "user" 
    pwd <- "pass" 


    channel <- odbcConnect(dsn = dsn_name, uid = user, pwd) 

    table_list <- sqlTables(channel, tableType = "TABLE", schema = "DM_QUANT") 
    cat("There are", nrow(table_list), "tables in the DM_QUANT schema.\n") 
    # There are 4 tables in the DM_QUANT schema. 

    table_name <- "DM_QUANT.TEST" 
    col_list <- sqlColumns(channel, table_name) 
    cat("There are", nrow(col_list), "columns defined in", table_name,"\n") 
    # There are 3 columns defined in DM_QUANT.TEST 

    ## Fetch test table (25 records) 
    test_tbl <- sqlQuery(channel, paste("SELECT * FROM ", table_name, sep = ""), 
         as.is = TRUE, na.strings = "") 

    ## Determine varTypes parameter for sqlSave 
    db2_var_types <- data.frame(var = col_list$COLUMN_NAME, 
           var_type = col_list$TYPE_NAME, 
           var_type_ext = paste(col_list$TYPE_NAME, "(", col_list$COLUMN_SIZE, ")", sep = ""), 
           stringsAsFactors = F) 

    db2_var_types$final_var_type <- db2_var_types$var_type 

    ## Adding size for VARCHAR variable type. 
    db2_var_types$final_var_type[db2_var_types$var_type == "VARCHAR"] <- db2_var_types$var_type_ext[db2_var_types$var_type == "VARCHAR"] 


    ## Append - append 1st record of the current table again. 
    sqlSave(channel, test_tbl[1,], tablename = table_name, append = T, verbose = T, 
      fast = F, rownames = F, colnames = F, varTypes = db2_var_types$final_var_type) 
    # Query: INSERT INTO DM_QUANT.TEST ("R_DATE", "CID", "PRIV_PERSON") VALUES ('2016-06-30', '193303', 'N') 

    ## After I use sqlSave I cannot query from the database from SQuirreL SQL Client. 
    ## Seems like I'm locking the whole table by R. 

    ## Test append 
    ## customer_test <- sqlFetch(channel, table_name) 
    test_append <- sqlQuery(channel, paste("SELECT * FROM ", table_name, sep = ""), 
           as.is = TRUE, na.strings = "") 

    nrow(test_append) 
    # [1] 26 
    nrow(test_append) == nrow(test_tbl) + 1 
    # [1] TRUE 

    ## Append seems successfull 
    cat("Record appended successfully.\n") 


    ## Close connections 
    odbcCloseAll() 
    cat("Database connections are closed.\n") 

    ## Always closes with 2 error message 
    # 1: [RODBC] Error in SQLDisconnect 
    # 2: [RODBC] Error in SQLFreeconnect 

    ## I still cannot query from SQuirreL SQL Client untill I close R completely 
    ## After I close and test query from SQuirreL, I cannot see the appended record. 

Le fichier Excel que j'ai utilisé pour le test.

 **sample-data** 
    R_DATE  CID PRIV_PERSON 
    2016.06.30 193303 N 
    2016.06.30 808739 N 
    2016.06.30 585008 N 
    2016.06.30 479872 N 
    2016.06.30 350290 N 
    2016.06.30 895961 N 
    2016.06.30 822839 N 
    2016.06.30 746603 N 
    2016.06.30 174107 N 
    2016.06.30 858942 N 
    2016.06.30 710500 N 
    2016.06.30 513533 N 
    2016.06.30 303993 N 
    2016.06.30 14983 N 
    2016.06.30 91401 N 
    2016.06.30 364451 N 
    2016.06.30 147311 N 
    2016.06.30 165897 N 
    2016.06.30 988524 N 
    2016.06.30 445691 N 
    2016.06.30 119082 N 
    2016.06.30 4668 N 
    2016.06.30 8910 N 
    2017.12.31 377879 
    2016.06.30 531661 N 

Answer 1

Une validation automatique désactivée expliquerait ce comportement. Les lignes mises à jour ou insérées restent verrouillées exclusivement jusqu'à leur validation. Lorsque vous fermez la connexion de force, les modifications sont probablement annulées.

Essayez immédiatement odbcSetAutoCommit(channel, autoCommit = TRUE) après avoir établi la connexion. Vous pouvez également émettre odbcEndTran(channel, commit = TRUE) après votre sqlSave().