Comment rendre un réseau networkDynamic en utilisant le moteur de rendu MDSJ dans R?

Question

Je voudrais rendre un réseau dynamique en R en utilisant la librairie rapide MDSJ. Malheureusement, toutes les coordonnées des vertices semblent être 0,0 en utilisant ce moteur de rendu, ce qui n'est pas le cas lorsque vous utilisez l'une des autres mises en page (kamadakawai ou Graphviz.) Si vous collez le code ci-dessous, vous devriez pouvoir reproduire le problème .

if (!require("pacman")) install.packages("pacman") 
library("pacman") 
pacman::p_load(network, networkDynamic, ndtv) 

#animation.mode = "MDSJ" 
#animation.mode = "Graphviz" 
animation.mode = "kamadakawai" 
people <- c("A","B","C","D","E") 
documents <- paste0("a",1:10) 
edges <- data.frame(from = c("A","A","A","B","B","C","D"), 
        to  = c("a1","a2","a3","a4","a5","a1","a1"), 
        active = c(1,2,3,3,4,4,4)) 
net <- network.initialize(0, directed = TRUE, bipartite = length(people)) 

add.vertices.networkDynamic(net, 5, vertex.pid = people) 
add.vertices.networkDynamic(net, 10, vertex.pid = documents) 

net %v% "vertex.names" <- c(people, documents) 
net %v% "vertex.col" <- c(rep("blue", length(people)), rep("gray", length(documents))) 
set.network.attribute(net,'vertex.pid','vertex.names') 

add.edges.networkDynamic(net, 
         tail = get.vertex.id(net, edges[[1]]), 
         head = get.vertex.id(net, edges[[2]]), 
         edge.pid = paste0(edges[[1]], "->", edges[[2]])) 
activate.edges(net, e = 1:7, at = edges[[3]]) 
reconcile.vertex.activity(net = net, mode = "encompass.edges", edge.active.default = FALSE) 

slice.par <- list(start = 1, end = 4, interval = 1, aggregate.dur = 2, rule = "earliest") 
compute.animation(net, 
        animation.mode = animation.mode, 
        slice.par = slice.par) 
render.d3movie(net, 
       slice.par = slice.par, 
       displaylabels = TRUE, 
       output.mode = "htmlWidget", 
       vertex.col = 'vertex.col') 

en utilisant kamadakawai, on obtient une vue dynamique comme celui-ci:

en utilisant MDSJ, toutes les diapositives ressemblent à ceci:

Answer 1

Ce code fonctionne sur mon système avec MDSJ. Est-ce qu'il s'installe correctement sur le vôtre? Lorsqu'il est utilisé pour la première fois, il doit télécharger et installer une application Java mdsj.jar.