2017-07-17 2 views
0

Je tente de tracer des courbes de Kaplan-Meier utilisant les tutorial suivants spécifiquement les lignes:intervalles de confiance en douceur sur Kaplan Meier

require("survival") 
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung) 
ggsurvplot(fit, linetype = "strata", conf.int = TRUE, pval = TRUE, palette = "Dark2") 

Je comploté l'image de mon ordinateur à droite, l'intrigue du tutoriel est sur la gauche: enter image description here

Alors que c'est subtil, la forme des intervalles de confiance dans mon intrigue est très irrégulière tandis que les tutoriels sont assez lisse. Comment puis-je obtenir le look "lisse"?

J'utilise la version R 3.4.1

+0

Il y avait probablement beaucoup plus d'observations dans les données du tutoriel. Le calcul habituel de l'intervalle de confiance ne change que sur les points observés. KM CI ne sont pas lisses; ce sont des fonctions pas à pas. – MrFlick

+0

J'utilise le même jeu de données "lung" que le tutoriel. Fait intéressant, je suis confronté à ce problème parce que j'avais l'habitude d'avoir des CI "lisses" sur un ensemble de données différent mais après avoir échangé des ordinateurs et avoir besoin de réécrire mon script d'analyse, ils sont maintenant "hachés". – Anne

+0

Utilisez-vous différentes versions du paquet 'survival' sur différentes versions de R? – MrFlick

Répondre

0

Après revenir en arrière à des versions plus anciennes de survie (2,38 à 3), Survminer (0.2.0), et ggplot2 (2.0.0), j'ai pu recréer l'exemple de tracé avec des CI "lisses".