Impression au format prédéfini Perl

Question

Je génère des coordonnées 3D (x, y, z) dans un fichier avec le code suivant.

for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
      push @arr_grid, "$x $y $z\n"; 
     } 
    } 
} 
foreach (@arr_grid) { 
    say "HETATM 1 O HOH 1 $_ O"; 
} 

Maintenant, mon problème est que je veux obtenir la sortie avec un format précis (APB) avec des valeurs d'index comme,

1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
HETATM 1 O HOH  1  -8.863 16.944 14.289      N 
HETATM 100 O HOH 16  -15.352 11.525 5.325      N 
HETATM 117 O HOH 16  -12.954 9.717 5.182      C 
HETATM 126 O HOH 17  -19.225 11.667 -0.391      C 
HETATM 1005 O HOH 97  9.246 23.287 11.503      O 

Voici les x, y, z shoulb être des données type réel (8.2) et d'autres sont justifiés à droite. Les valeurs x, y, z ne sont pas celles générées par le programme. J'ai placé des valeurs arbitraires. Aidez-moi, s'il vous plaît.

Answer 1

On peut supposer que vous pouvez remplacer l'existant:

 push @arr_grid, "$x $y $z\n"; 

avec une variation appropriée de:

 push @arr_grid, sprintf("%8.2f %8.2f %8.2f\n", $x, $y, $z); 

Cela vous permet de contrôler le format des numéros.

Answer 2

Vous pouvez utiliser printf pour spécifier l'espacement, l'alignement et les chiffres significatifs. Quelque chose comme cela pourrait fonctionner:

my @arr_grid; 
for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
      push @arr_grid, [$x, $y, $z]; 
     } 
    } 
} 
foreach (@arr_grid) { 
    printf "HETATM%5d %2s%2s HOH  1 %8.3f%8.3f%8.3f\n", 1, 'O', '', @$_; 
} 

Il pourrait peut-être plus logique que d'utiliser un module Perl conçu pour le format PDB tels que Chemistry::File::PDB ou Bio::Structure::IO::pdb

Answer 3

Vous souhaitez utiliser les options de format de Perl pour la présentation des données de sortie de manières prédéfinies. Vous pouvez lire à ce sujet here.

Votre exemple, réécrite un peu:

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
     write; 
     } 
    } 
} 

format STDOUT_TOP = 
1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
. 

format STDOUT = 
HETATM 1 O HOH  1  @<<<<<< @<<<<<< @<<<<<<      N 
           $x  $y  $z 
. 

Le FORMAT_TOP est imprimé tous les $= (ou $FORMAT_LINES_PER_PAGE) afin de réinitialiser cette variable si vous voulez imprimer plus rarement ou un nombre ridiculement élevé si vous voulez imprimer seulement une fois que.

Exemple de sortie:

1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  0       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  1.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  2.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  4.2       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  0       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  1.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  2.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  4.2       N 

J'ai un autre problème: quand je suis chiffres d'impression avec des points décimaux comme

HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -8       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -6.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -5.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -3.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -2.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -1       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 0.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 1.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 3.2       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 4.6       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  -3.4 6       N 

Dans les colonnes ci-dessus, je dois imprimer le point de décimal dans le même index. Lorsque je fais des calculs et que je mets à jour des valeurs, les points en décimales sont décalés. i besoin d'une sortie comme

HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -8.0      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -6.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -5.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -3.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -2.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -1.0      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  0.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  1.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  3.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  4.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  6.0      N 

Edit 1:
Exemple à un dumpfile:

open(DUMPFILE,">output.txt"); 

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
     write DUMPFILE; 
     } 
    } 
} 

close(DUMPFILE); 


format DUMPFILE_TOP = 
1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
. 

format DUMPFILE = 
HETATM 1 O HOH  1  @<<<<<< @<<<<<< @<<<<<<      N 
           $x  $y  $z 
.