Dans une large mesure, je pense que cela frôle la micro-optimisation. Oui, il y a un surcoût supplémentaire dans les appels de méthode dû à JNI, mais cela devrait être assez trivial dans le grand schéma des choses (par opposition, disons, au traitement XML, ou manipulation d'image, ou ...). De plus, toute la RAM devra être alimentée de toute façon (c'est comme ça que fonctionne la DRAM, et je doute qu'ils utilisent la SRAM pour la RAM dans ces périphériques), donc le fait que deux VM soient chargées en mémoire ne devrait pas non plus.
Le temps processeur sera un facteur déterminant, mais je doute fortement que JNI sera un contributeur significatif (manque de données de profilage qui suggère autrement).