2011-01-12 4 views
0

Je veux tester si pbsdsh fonctionne ou non dans mon système. J'utilise le programme suivantAide avec "bonjour monde" pbsdsh

J'utilise un serveur linux avec deux quad-core Intel Xeon 64 bits (24 nœuds de calcul

try.sh 

#!/bin/bash 

# Set up the path 
PATH=/usr/local/bin:$PATH 
export PATH 

# Make all hosts print out "Hello World" 
pbsdsh echo Hello World 

je lance la commande

qsub -l nodes=2 try.sh 

Je suis le message d'erreur suivant dans try.sh.e2013

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/2013.hpc.SC: line 8: pbsdsh: command not found 

Ce message d'erreur est trompeur comme pbsdsh existe dans le système.

Quelqu'un pourrait-il m'aider?

Merci

Répondre

2

"Ce message d'erreur est trompeur car pbsdsh existe dans le système."

Existe-t-il dans PATH? Et, en particulier, existe-t-il dans PATH sur les nœuds de calcul sur lequel il est exécuté? Gardez à l'esprit que la variable $PATH dans l'environnement de ce script peut être différente de celle d'un shell interactif sur le nœud principal; vous pouvez le trouver en faisant écho $PATH dans votre script. Essayez de soumettre un travail interactif

$ qsub -I -l nodes=2 

puis, lorsque vous avez un shell interactif sur l'un des nœuds, et trouver pbsdsh assurez-vous qu'il est là que vous pensez qu'il est.

+0

@Jonathan. Merci pour votre contribution. Je viens de faire ce que vous avez suggéré avec> qsub -I -l nodes = 2 Ensuite> "echo $ PATH", il donne le fichier /usr/local/bin:/share1/mpich2-1.2.1/bin:/share1 /pgi/linux86-64/2010/mpi/mpich/bin:/share1/pgi/linux86-64/10.1/bin:/share1/bin:/opt/kusu/bin:/opt/kusu/sbin:/bin:/usr/bin:/partage1/matlab-R2009a/bin:/home2/Tony/bin. Quelle est la prochaine étape? – Tony

+0

@Tony: bien; L'étape suivante consiste à voir si pbsdsh existe dans l'un de ces répertoires. Vous avez dit que pbsdsh existe dans le système; ça sonne comme si tu savais où c'est. Est-ce à cet endroit sur les nœuds de calcul? Si oui, ce répertoire est-il dans le PATH ci-dessus? –

+0

(PS - sur mon système, dans/opt/couple/bin /) –