prédiction de l'effet de complot en R

Question

Jusqu'à présent, je suis arrivé à pour ajuster le modèle dans la fonction survreg comme ci-dessous:

model <- survreg(formula = Surv(TimeDeath, event) ~ age + BM1 + BM2 + 
         mutation + sex + BM1:BM2 + BM1:mutation, 
         data = DF, dist = "lognormal") 

Maintenant, je dois prévoir le temps de l'échec d'un patient qui est âgé de 51 ans, il n'avait pas la mutation du gène, et pour BM1 il avait la valeur 3,7 mg/dL et pour BM2 la valeur 251 mg/dL.

je continue comme ci-dessous:

ND <- with(DF, data.frame(
    age = rep(seq(min(age), max(age), length.out = 20), 2), 
    BM1 = rep(seq(min(BM1), max(BM1), length.out = 20), 2), 
    BM2 = rep(seq(min(BM2), max(BM2), length.out = 20), 2), 
    mutation = c("No", "Yes"), 
    sex = c("male", "40") 
)) 

prs <- predict(model_final, ND, se.fit = TRUE, type = "lp") 
ND$pred <- prs[[1]] 
ND$se <- prs[[2]] 
ND$lo <- exp(ND$pred - 1.96 * ND$se) 
ND$up <- exp(ND$pred + 1.96 * ND$se) 
ND$pred <- exp(ND$pred) 

library(lattice) 
xyplot(pred + lo + up ~ age + BM1, data = ND, type = "l", 
     lty = c(1,2,2), col = "black", lwd = 4, xlab = "Age", 
     ylab = "Survival Time") 

Je sais que je ne l'ai pas défini l'objet ND correctement, mais je ne sais pas comment le faire, et aussi, la fonction de traçage.

De l'aide s'il vous plaît?

Answer 1

Regardez ?predict.survreg. La construction de CI de ne semble suspect, je l'aurais pensé que vous aurait plutôt mis se.fit=TRUE Il y a un nouvel argument de données qui est l'endroit où vous incluez les paramètres nécessaires à la prévision dans le cadre de l'argument newdata:

all.combos < expand.grid(mutation=c("No", "Yes"), BM1= 3.7 , BM2= 251 , 
          sex = c("male", "40"), 
          age-seq(min(age), max(age), length.out = 20) ) ) 
    preds.combos <- predict(model, all.combos, se.fit=TRUE)