(script shell - qsub) attend que le travail soumis se termine avant la commande suivante

Question

Mon script shell implique la soumission de travail qsub, puis la copie du fichier généré par ce travail vers un autre emplacement. Comment fait-on cela?

Voici comment mon script shell ressemble à:

... 
qsub synplify.csh 
cp ./rev_1/netlist.vqm ~/sample 
... 

Ici, le travail d'synplify.csh est soumis sur le serveur mais pas terminé. Et cela efface la façon d'exécuter la deuxième ligne. Ainsi, la deuxième ligne est exécutée pendant le traitement du premier travail. Je veux que la deuxième ligne soit exécutée une fois le travail terminé.

Answer 1

Vous pouvez les commandes de la chaîne comme décrit ici:

https://unix.stackexchange.com/questions/63648/how-to-send-many-commands-to-shell-and-wait-for-the-command-behind-ends

Vous pouvez également soumettre des scripts distincts qui utilisent les dépendances d'emploi (avec afterok):

http://docs.adaptivecomputing.com/torque/6-0-2/adminGuide/help.htm#topics/moabWorkloadManager/topics/jobAdministration/jobdependencies.html

Answer 2

Utilisez -sync y l'option .

qsub -sync y synplify.csh 
cp ./rev_1/netlist.vqm ~/sample 

De l'man page:

-SYNC les causes y QSUB attendre le travail pour terminer avant de quitter.