système large libxml2
Je veux compiler la suite Chroma des simulations de physique sur le supercalculateur JUQUEEN qui est une installation IBM BlueGene/Q. Les interfaces fonctionnent sur RedHat Linux 6. L'architecture est PowerPC 7 sur les nœuds frontaux et de calcul. Les processeurs utilisés diffèrent cependant, le frontend a IBM Power 740, les nœuds de calcul sont des puces IBM Power A2. À l'aide de compilateurs comme mpigcc et mpig++ compiler automatiquement pour les nœuds de calcul.système large libxml2 ne fonctionne pas, la compilation de sources failes en configuration
Les versions modernes des programmes peuvent être chargées dans le chemin en utilisant module. Il y a des dépendances sur deux autres bibliothèques qui doivent être compilées. J'ai terminé avec qmp pour l'instant. qdpxx dépend également de libxml2 et c'est là que je suis coincé:
chroma --- qdpxx --- qmp
\-- libxml2
Sur mon poste de travail Fedora 24, je peux compiler qdpxx très bien en utilisant le système large installation de libxml2. Je viens d'installer les paquets RPM libxml2 et libxml2-devel et n'a pas eu besoin de spécifier aucun -with-libxml2=DIR arguments à qdpxx/configure.
Sur le frontend super-ordinateur, je reçois ceci:
+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS= LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking whether the C++ compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... yes
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ accepts -g... yes
checking for powerpc64-bgq-linux-ranlib... no
checking for ranlib... ranlib
configure: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet
checking for powerpc64-bgq-linux-ar... no
checking for ar... ar
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for powerpc64-bgq-linux-strip... no
checking for strip... strip
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++... gcc3
configure: Configuring QDP++ for Nd = 4
configure: Configuring QDP++ for Nc = 3
configure: Configuring QDP++ for Ns = 4
configure: Configuring QDP++ Alignment size=16
configure: Fallback to generic C routines if needed: yes
configure: Enabling BGQ Thread Binding
configure: Configuring for double precision
configure: Configuring QDP++ with cb2 layout
configure: Parscalar build! Checking for QMP
checking for qmp-config... /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config
configure: Found QMP configuration program /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config
configure: QMP compile flags: -I/homec/hbn28/hbn28e/local/include
configure: QMP linking flags: -L/homec/hbn28/hbn28e/local/lib
configure: QMP libraries flags: -lqmp
checking if we can compile/link of a simple QMP C++ program... yes
Value of with_libxml2 is XX
checking for xml2-config... /usr/bin/xml2-config
configure: Found libxml2 configuration program
configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm
checking if we can compile/link a simple libxml2 program... no
configure: error: Cannot compile/link a program with libxml2.
Use --with-libxml2=<dir> to select a working version.
En qdpxx/config.log, la section pertinente ici est la suivante:
configure:4321: checking for xml2-config
configure:4339: found /usr/bin/xml2-config
configure:4351: result: /usr/bin/xml2-config
configure:4370: Found libxml2 configuration program
configure:4374: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure:4378: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm
configure:4386: checking if we can compile/link a simple libxml2 program
configure:4434: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -o conftest -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp -I/usr/include/libxml2 conftest.cpp -lxml2 -lz -lm >&5
conftest.cpp: In function 'int main()':
conftest.cpp:30:16: warning: deprecated conversion from string constant to 'char*' [-Wwrite-strings]
char *docname="foo";
^
conftest.cpp:28:13: warning: unused variable 'argc' [-Wunused-variable]
int argc ; char **argv ;
^
conftest.cpp:28:27: warning: unused variable 'argv' [-Wunused-variable]
int argc ; char **argv ;
^
conftest.cpp:29:19: warning: variable 'doc' set but not used [-Wunused-but-set-variable]
xmlDocPtr doc;
^
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lxml2
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lz
collect2: error: ld returned 1 exit status
configure:4441: $? = 1
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "qdp++"
| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--"
| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0"
| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "[email protected]"
| #define PACKAGE "qdp--"
| #define VERSION "1.44.0"
| #define QDP_ND 4
| #define QDP_NC 3
| #define QDP_NS 4
| #define QDP_AC_ALIGNMENT_SIZE 16
| #define QDP_USE_GENERIC_OPTS 1
| #define QDP_USE_BLUEGENEL 1
| #define BASE_PRECISION 64
| #define QDP_USE_CB2_LAYOUT 1
| #define ARCH_PARSCALAR 1
| #define QDP_USE_LIBXML2 1
| /* end confdefs.h. */
|
| #include <libxml/xmlmemory.h>
| #include <libxml/parser.h>
|
| int
| main()
| {
|
| int argc ; char **argv ;
| xmlDocPtr doc;
| char *docname="foo";
| doc = xmlParseFile(docname);
| ;
| ;
|
| ;
| return 0;
| }
configure:4483: result: no
configure:4486: error: Cannot compile/link a program with libxml2.
Use --with-libxml2=<dir> to select a working version.
Le cannot find -lxml2 sonne comme il n'y a pas /usr/lib/libxml2.so. Et en effet, il n'y en a pas là. L'exécution locate libxml donne les lignes intéressantes suivantes:
/usr/include/libxml2/libxml/xpath.h
...
/usr/include/libxml2/libxml/xpointer.h
/usr/lib/libxml2.so.2
/usr/lib/libxml2.so.2.7.6
/usr/lib64/libxml2.so
/usr/lib64/libxml2.so.2
/usr/lib64/libxml2.so.2.7.6
Apparemment, la version 32 bits a une étrange soi-nom et que la version 64 bits a un nom si régulier. Essayer d'ajouter -L/usr/lib64 avéré briser autres:
+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS=-L/usr/lib64/ LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++
checking for C++ compiler default output file name...
configure: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx':
configure: error: C++ compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
Dans le fichier journal, il dit ceci:
configure:2159: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp -L/usr/lib64/ conftest.cpp >&5
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/lib/crt1.o: In function `_start_no_magic':
(.text+0x58): undefined reference to `__libc_no_magic_start_main'
/bgsys/local/gcc/4.9.3/powerpc64-bgq-linux/lib/libdl.so.2: undefined reference to `[email protected]_PRIVATE'
collect2: error: ld returned 1 exit status
configure:2163: $? = 1
configure:2201: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "qdp++"
| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--"
| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0"
| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "[email protected]"
| /* end confdefs.h. */
|
| int
| main()
| {
|
| ;
| return 0;
| }
configure:2207: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx':
configure:2210: error: C++ compiler cannot create executables
Il semble que je viens mis au rebut tous les autres chemins où les bibliothèques peuvent résider telles que rien ne construit plus.
La tentative de création d'un lien symbolique de /usr/lib/libxml2.so.2 à $HOME/libxml2.so et l'ajout de -L$HOME n'a pas fonctionné non plus.
Essayer de compiler libxml2 de Git
A ce stade, je me suis arrêté de poursuivre le système large installation et essayé d'installer libxml2 à partir du dépôt Git. J'ai donc cloné le référentiel et tapé ./autogen.sh. Cela n'a pas dit:
Checking zlib
./configure: line 12546: syntax error near unexpected token `Z,zlib,'
./configure: line 12546: ` PKG_CHECK_MODULES(Z,zlib,'
autotools affirment qu'il y ait la version 2.69. C'est la même version installée sur le cluster universitaire (où il échoue également). Sur mon poste de travail Fedora 24, la même version est installée, mais ./autogen.sh ne fait que passer et crée un Makefile.
Je suis un peu perdu maintenant. Y at-il un bogue dans le script de construction de libxml2 s'il échoue sur le RedHat ppc64 et aussi sur le cluster universitaire Debian amd64 mais pas sur mon portable Fedora x86_64?
Comment puis-je obtenir le script configure de qdpxx pour utiliser l'installation système de libxml2? Il n'extrait déjà les drapeaux appropriés en utilisant xml2-config:
configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm
Que puis-je faire pour mon programme compilé plus?
Essayez de définir la cible sur 'ppc64' ou' powerpc64'. Cela devrait automatiquement construire votre code en binaire 64 bits. – alvits
Les bibliothèques partagées non-versionnées sont généralement fournies par les paquetages '-devel'. Ce ne sont que des liens vers la bibliothèque versionnée. Cela signifie que seul 'libxml2-devel. * 64' est installé. La version 32 bits n'est pas installée. – alvits
Pour résoudre l'erreur 'PKG_CHECK_MODULES', installez simplement' pkg-config'. Vous pouvez également télécharger une archive d'une version officielle de libxml2 fournie avec un script configure prédéfini. Mais j'essayerais vraiment d'obtenir le build avec le libxml2 du système fonctionnant en premier. Si la suggestion de @alvits ne fonctionne pas, qu'en est-il de la création manuelle du lien symbolique? – nwellnhof