structure de données python pour certains réseaux, largeur première recherche

Question

Le titre peut être peu clair, mais pour donner une brève explication, j'applique certains réseaux biologiques comme les réseaux de protéines à la programmation. Je veux utiliser une recherche de première grandeur pour calculer certaines valeurs. Voici un exemple d'un réseau, je travaille actuellement avec:

Sur une note de côté, juste parce qu'un noeud n'est pas nommé ne signifie pas son pas un nœud. Cela signifie simplement que son nom n'est pas significatif pour le réseau.

Simpler exemple:

Mon problème est ici que je dois représenter ce réseau avec une structure de données, que je dois utiliser pour calculer 2 valeurs pour chaque noeud:

• Le nombre de chemins de signal pour un nœud (combien de chemins sont-ils entre l'entrée et la sortie qui inclut le nœud)

• Le nombre de boucles de rétroaction pour un nœud (combien de boucles p ATHs le nœud est)

je dois calculer ces valeurs pour chaque un seul nœud dans le réseau. Python est venu à l'esprit parce que c'est un standard pour la bioinformatique, mais je suis ouvert à d'autres langages avec des structures potentiellement intégrées. Au sein de Python, la seule chose qui me vient à l'esprit est une forme de deal DFA/dictionnaire pour représenter ce type de réseaux, mais je pose la question ici pour voir si quelqu'un d'autre a une meilleure idée.

Answer 1

NetworkX fonctionne correctement. Si vous lisez la section 4.39.2 de la documentation, vous verrez comment faire BFS avec NetworkX