Comment tracer un nouveau vecteur sur un espace PCA dans R

Question

Je suis novice en analyse de composantes principales dans R et ma question est assez naïve. J'ai fait un PCA d'une matrice (A) en utilisant la fonction 'prcomp' dans R. Maintenant, je veux tracer un vecteur sur l'espace PCA de PC1 et PC2 de A. Comment est-ce que je suis venu à propos de ce tracé du vecteur?

Answer 1

Utilisez biplot (arrrows rouges sont les dimensions dans l'espace d'origine):

a <- princomp(iris[1:4]) 
biplot(a, cex=0.5) 

vous pouvez faire la projection à l'espace PCA sur votre propre aussi comme suit:

library(ggplot2) 
data <- iris[1:4] 
labels <- iris[,5] 
res <- princomp(data) 
res.proj <- as.matrix(data) %*% res$loadings[,1:2] 
ggplot(as.data.frame(res.proj), aes(Comp.1, Comp.2, col=labels)) + geom_point() 

Même parcelle à l'aide de prcomp (numériquement plus stable):

data <- iris[1:4] 
labels <- iris[,5] 
res <- prcomp(data) 
res.proj <- as.matrix(data) %*% res$rotation[,1:2] 
ggplot(as.data.frame(res.proj), aes(PC1, PC2, col=labels)) + geom_point() 

ggbiplot Fancier:

library(ggbiplot) 
g <- ggbiplot(res, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
       groups = labels, ellipse = TRUE, 
       circle = TRUE) 
g <- g + scale_color_discrete(name = '') 
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
       legend.position = 'top') 
print(g)