Exécuter la version de développement de R le long de la version stable

Question

Je veux vérifier un paquet R avec R-devel sous Ubuntu.

I installé R-devel basé sur http://www.personal.psu.edu/mar36/blogs/the_ubuntu_r_blog/2012/08/installing-the-development-version-of-r-on-ubuntu-alongside-the-current-version-of-r.html

et j'ai trouvé le guide pour Mac OS. http://www.nicebread.de/how-to-check-your-package-with-r-devel/

J'ai essayé R CMD check pkg --as-cran, mais c'est toujours la version R stable à utiliser pour vérifier. Comment laisser le R-devel être utilisé pour vérifier?

Merci d'avance!

Answer 1

Probablement vous avez omis la dernière étape mentionnée dans le blog que vous avez lié. Vous devez changer un certain nombre de variables d'environnement pour pointer vers la nouvelle version de développement de R. Le message suggère de créer un script pour exécuter la version de développement de la R:

#!/bin/bash 
# This assmues the dev version of R is installed in /usr/local/ 

export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'} 
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH" 
R "$@" 

Vous pouvez enregistrer ce dans un endroit dans votre $PATH, et nommez-le par exemple R-devel. Assurez-vous de rendre le script exécutable avec chmod. Ensuite, vous pouvez lancer R-devel comme ceci:

R-devel CMD check pkg --as-cran 

Answer 2

J'ai un alternative method sur les conseils de la liste de diffusion bioc-devel. En supposant que vous voulez installer r-devel dans votre répertoire personnel, disons ~/R-devel/, voici ce que vous faites:

D'abord, configurez les variables d'environnement de sorte que nous n'ayons pas besoin de répéter les noms des répertoires. Un répertoire pour les sources et un répertoire pour la distribution compilée. Bien sûr, ils pourraient être partout, où que vous les aimez être:

export RSOURCES=~/src 
export RDEVEL=~/R-devel 

Maintenant, obtenir les sources + paquets recommandés:

mkdir -p $RSOURCES 
cd $RSOURCES 
svn co https://svn.r-project.org/R/trunk R-devel 
R-devel/tools/rsync-recommended 

Ensuite, construire R et colis:

mkdir -p $RDEVEL 
cd $RDEVEL 
$RSOURCES/R-devel/configure && make -j 

Voilà, vous avez terminé. Il suffit d'enregistrer les éléments suivants dans un script exécutable quelque part pour être en mesure d'exécuter la version de développement:

#!/bin/bash 
export R_LIBS=~/R-devel/library 
R "$@" 

Voici un script qui enregistre le script automatiquement à votre ~/bin /:

cat <<EOF>~/bin/Rdev; 
#!/bin/bash 

export R_LIBS=$RDEVEL/library 
export PATH="$RDEVEL/bin/:\$PATH" 
R "\$@" 
EOF 
chmod a+x ~/bin/Rdev 

maintenant vous pouvez simplement exécuter Rdev comme si vous utilisiez R, et vous aurez la version de développement de R, qui installera les paquets dans $RDEVEL/library.