ajouter des lignes d'indicateurs de signification de boîtes à moustaches et des astérisques dans R plot_ly

Question

Quelle est la commande R plot_ly pour ajouter des barres de signification horizontales (et des étoiles) à un graphe? Les réponses à "How to draw the boxplot with significant level?" et "Put stars on ggplot barplots and boxplots - to indicate the level of significance (p-value)" fournissent un bon code pour ggplot.

En premier lieu, déterminer l'importance:

library(lsmeans) 
lsmeans(lm(data = iris, Sepal.Width ~ Species), pairwise ~ Species) 
    $contrasts 
    contrast    estimate   SE df t.ratio p.value 
    setosa - versicolor  0.658 0.06793755 147 9.685 <.0001 
    setosa - virginica  0.454 0.06793755 147 6.683 <.0001 
    versicolor - virginica -0.204 0.06793755 147 -3.003 0.0088 

Voici un exemple de code R pour la parcelle. Comment ajouter des lignes et des étoiles?

library(plotly) 
p <- plot_ly() 
p <- add_boxplot(p, data = iris, x = ~Species, y = ~Sepal.Width, 
       color = ~Species, boxpoints = "all", jitter = 0.3, pointpos = 0) 
# p <- add_paths(p, data = iris, ???) 
# p <- add_line(p, data = iris, ???) 
p 

Answer 1

solution Horrible hacky qui donne la sortie désirée

• Ajout des supports comme une trace de ligne séparée
• Ajout des marqueurs de l'importance que les étiquettes sur le dessus de la barre cachés parcelles
• Masquage de l'aide valeurs catégorielles via layout

Le problème w En utilisant les annotations, il n'y a aucun moyen de placer l'astérisque au bon endroit, trois boîtes à moustaches signifient trois valeurs x catégoriques. Les nouvelles valeurs x sont ajoutées via le graphique à barres.

library(plotly) 
p <- plot_ly() 
p <- add_bars(p, 
       x = c('setosa', 'setosa0', 'versicolor', 'versicolor0', 'virginica'), 
       y = c(3.5, 4.6, 2.5, 4.1, 3), 
       opacity=1, 
       showlegend = F, 
       marker=list(line = list(color='rgba(0,0,0,0'), 
          color = 'rgba(0,0,0,0'), 
       text = c('', '**', '', '*', ''), 
       textposition = 'outside', 
       legendgroup = "1" 
) 
p <- add_lines(p, 
       x = c('setosa', 'setosa', 'versicolor', 'versicolor'), 
       y = c(4.5, 4.6, 4.6, 4.5), 
       showlegend = F, 
       line = list(color = 'black'), 
       legendgroup = "1", 
       hoverinfo = 'none' 
) 

p <- add_lines(p, 
       x = c('versicolor', 'versicolor', 'virginica', 'virginica'), 
       y = c(4.0, 4.1, 4.1, 4.0), 
       showlegend = F, 
       line = list(color = 'black'), 
       legendgroup = "1", 
       hoverinfo = 'none' 
) 


p <- add_boxplot(p, data = iris, x = ~Species, y = ~Sepal.Width, 
       color = ~Species, boxpoints = "all", jitter = 0.3, pointpos = 0, 
       legendgroup="1") 


p <- layout(p, 
      xaxis = list(tickmode = 'array', 
         tickvals = c('setosa', 'sf', 'versicolor', 'vet', 'virginica'), 
         ticktext = c('setosa', '', 'versicolor', '', 'virginica')), 
      yaxis = list(range = c(0, 5)) 
      ) 
p 

Le graphique ci-dessous montre toutes les traces cachées utilisées pour obtenir le graphique de droite: