clusterR renvoie «l'argument est de longueur zéro»

Question

J'ai utilisé le paquet R raster depuis longtemps, mais maintenant je ne peux vraiment pas comprendre ce problème de cluster. Je dois calculer l'indice SPI pour un raster netCDF. Ceci est fait pour chaque cellule, en prenant les timeseries de la cellule et en retournant la temporisation de l'index SPI pour cette cellule.

L'exemple de fichier d'entrée (environ 4 Mo) peut être trouvé here.

Voir le code ci-dessous:

library(raster) 
library(SPEI) 

calcspi <- function(pr) { #this function calculates the SPI index for each timeseries of values 
    pr <- as.numeric(pr) 
    if (all(is.na(pr[1:20]))) { #Check that this is not an NA cell 
     outspi <- rep(NA, length(pr)) 
    } else { 
     outspi <- fitted(spi(pr, 12, na.rm=TRUE)) 
    } 
    return(outspi) 
} 

b <- brick("input_crop.nc", varname="pr") 
readAll(b) #As requested in the comments 

###THIS WORKS BUT IS SLOW: 
bc <- calc(b, calcspi) 

###THIS DOES NOT: 
beginCluster(n=4) 

bc <- clusterR(b, calc, args=list(fun="calcspi")) 
#[1] "argument is of length zero" 
#attr(,"class") 
#[1] "snow-try-error" "try-error" 
#Error in clusterR(b, calc, args = list(fun = "calcspi")) : cluster error 

endCluster() 

###THIS DOESN'T EITHER: 
beginCluster(n=4) 

f <- function(x) calc(x, calcspi) 
bc <- clusterR(b, f) 
#[1] "argument is of length zero" 
#attr(,"class") 
#[1] "snow-try-error" "try-error" 
#Error in clusterR(b, f) : cluster error 

endCluster() 

traceback() est tout à fait inutile dans ce cas. Qu'est-ce qui ne va pas?

Answer 1

Cela a fonctionné pour moi:

b <- mybrick 
#readAll(b) #As requested in the comments 
#parallel processing 
ff <- function(x) calc(x, calcspi) 
beginCluster(8) 
bc <- clusterR(b, fun = ff,export='calcspi') 
endCluster()