2017-08-21 3 views
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Je ne suis pas nouveau à R mais je n'arrive pas à comprendre ce qui s'est mal passé. J'essaye juste d'installer le paquet de RcppEigen en utilisant install.packages('RcppEigen') et reçois l'erreur ci-dessus.RcppEigen.h: Aucun fichier ou répertoire lors de l'installation de ... RcppEigen sur Centos 7

La commande ci-dessous (délivré par l'installateur) échoue:

g++ -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include -std=c++11 -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o 

j'ai installé à la fois R-CRPP et la version R-CRPP-devel 0.12.12 du référentiel EPEL ainsi que eigen3-devel v 3.2 .5 (pas sûr si c'est nécessaire mais de toute façon ...)

J'ai cloné RcppEigen de Github et essayé de construire dans RStudio - la même erreur.

Makevars a PKG_CXXFLAGS = -I ../ inst/include mais le compilateur est invoqué comme ci-dessous:

g++ -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I"/home/zer0hedge/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I/usr/local/include -std=c++11 -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o 
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Un autre message? –

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@ F.Privé No. verbose essayé avec install.packages - n'a pas aidé. S'il vous plaît voir aussi mise à jour - Je ne peux pas le construire à partir du code source cloné – zer0hedge

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Doit être local à votre boîte car nous pouvons tester ces paquets via [R Hub] (https://builder.r-hub.io/) sur différents plates-formes, y compris CentOS, mais seulement jusqu'à CentOS 6, ainsi que Fedora. Voir [ici] (https://builder.r-hub.io/advanced) pour la liste. –

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Pour une raison quelconque, j'avais PKG_CXXFLAGS définis dans $HOME/.R/Makevars. Il a ignoré par erreur PKG_CXXFLAGS dans Makevars dans le répertoire src du package et a empêché la compilation de fichiers C++