Quelle est la meilleure façon d'exécuter une boucle de régressions dans R?

Question

Supposons que j'ai des sources de données X et Y qui sont indexables, disons des matrices. Et je veux exécuter un ensemble de régressions indépendantes et stocker le résultat. Ma première approche serait

results = matrix(nrow=nrow(X), ncol=(2)) 
for(i in 1:ncol(X)) { 
     matrix[i,] = coefficients(lm(Y[i,] ~ X[i,]) 

} 

Mais, les boucles sont mauvaises, pour que je puisse le faire avec lapply comme

out <- lapply(1:nrow(X), function(i) { coefficients(lm(Y[i,] ~ X[i,])) }) 

est-il une meilleure façon de le faire?

Answer 1

Si vous voulez simplement effectuer une régression linéaire multiple simple, alors je recommanderais pas en utilisant lm(). Il y a lsfit(), mais je ne suis pas sûr que cela offrirait beaucoup plus d'accélération (je n'ai jamais fait de comparaison formelle). Au lieu de cela je recommanderais d'effectuer le X'y (X'X)^{- 1} en utilisant qr() et qrcoef(). Cela vous permettra d'effectuer une régression linéaire multiple multivariée; c'est-à-dire, traiter la variable de réponse comme une matrice au lieu d'un vecteur et appliquer la même régression à chaque rangée d'observations.

Z # design matrix 
Y # matrix of observations (each row is a vector of observations) 
## Estimation via multivariate multiple linear regression      
beta <- qr.coef(qr(Z), Y) 
## Fitted values                
Yhat <- Z %*% beta 
## Residuals                 
u <- Y - Yhat 

Dans votre exemple, existe-t-il une matrice de conception différente par vecteur d'observations? Si c'est le cas, vous pouvez peut-être modifier Z afin de toujours l'adapter.

Answer 2

Vous êtes certainement trop optimiste ici. Le surdébit d'une boucle est négligeable par rapport à la procédure d'ajustement de modèle et, par conséquent, la réponse simple est - utilisez ce que vous trouvez pour être le plus compréhensible possible. J'irais pour le for-loop, mais lapply est bien aussi.

Answer 3

Je fais ce genre de chose avec plyr, mais je suis d'accord que ce n'est pas un problème d'efficacité de traitement autant que ce que vous êtes à l'aise de lire et d'écrire.