Calculer la différence absolue entre les valeurs dans deux colonnes

Question

J'écris un code R pour compter/sélectionner les lignes avec une différence absolue de deux valeurs dans deux colonnes inférieures à une certaine valeur (disons 0,1). Il lit deux fichiers et deux numéros de colonne, sur la base desquels le calcul est effectué.

args<-commandArgs(TRUE) 
f1<-args[1] 
f2<-args[2] 
col1<-args[3] 
col2<-args[4] 

if (length(args) <4) { 
    stop("\n\nUsage: file1 file2 column1 column2 >output\n\n") 
} 
pearsoncor<-function(in1,in2,x,y){ 
# Read in data 
file1<-read.table(in1,header=F) 
file2<-read.table(in2,header=F) 
col1<-as.integer(x) 
col2<-as.integer(y) 

# Calculate pearson correlation 

    cor_r <- which(file1[,col1] != '.' & file2[,col2] != '.') 
    file1.filter<-file1[cor_r,col1] 
    file2.filter<-file2[cor_r,col2] 
    x=cor.test(c(file1.filter),c(file2.filter),method="pearson") 
    fname=paste(basename(in1), " and ", basename(in2),sep="") 
    print(fname) 
    print(x) 
    conc_c <- 0 
    for (i in 1:length(cor_r)) 
    { 
     dif<-abs(file1.filter[i,] - file2.filter[i,]) 
     if (dif <0.1){ 
      conc_c = conc_c +1 
     } 
    } 
    print(conc_c) 
} 

pearsoncor(f1,f2,col1,col2) 

Fichiers de test: deux fichiers de test délimités par des tabulations.

==> t1.txt <== 
chr1 10468 10470 .  1  +  chr1 10468 10470 0.762 2 
chr1 10470 10472 .  2  +  chr1 10470 10472 0.738 2 
chr1 10483 10485 .  3  +  chr1 10483 10485 0.865 2 
chr1 10488 10490 .  4  +  chr1 10488 10490 0.825 2 
chr1 10492 10494 .  5  +  chr1 10492 10494 0.894 2 
chr1 10496 10498 .  6  +  chr1 10496 10498 0.859 2 
chr1 10524 10526 .  7  +  chr1 10524 10526 0.954 2 
chr1 10541 10543 .  8  +  chr1 10541 10543 0.876 2 
chr1 10562 10564 .  9  +  chr1 10562 10564 0.829 2 
chr1 10570 10572 .  10  +  chr1 10570 10572 . 2 

==> t2.txt <== 
chr1 10468 10470 .  1  +  chr1 10468 10470 0.69 2 
chr1 10470 10472 .  2  +  chr1 10470 10472 0.7  2 
chr1 10483 10485 .  3  +  chr1 10483 10485 0.911 2 
chr1 10488 10490 .  4  +  chr1 10488 10490 0.894 2 
chr1 10492 10494 .  5  +  chr1 10492 10494 0.714 2 
chr1 10496 10498 .  6  +  chr1 10496 10498 0.857 2 
chr1 10524 10526 .  7  +  chr1 10524 10526 0.984 2 
chr1 10541 10543 .  8  +  chr1 10541 10543 0.955 2 
chr1 10562 10564 .  9  +  chr1 10562 10564 0.981 2 
chr1 10570 10572 .  10  +  chr1 10570 10572 0.979 2 

Pour exécuter:

Rscript script.r t1.txt t2.txt 10 10 

je ne pouvais pas obtenir le calcul de la valeur absolue dans le code de .. il a donné cette erreur:

Error in `[.default`(file1.filter, i,) : incorrect number of dimensions 
Calls: pearsoncor.jgu -> [ -> [.factor -> NextMethod 
Execution halted 

également la première ligne de la message d'erreur est venu d'ici:

> file1.filter[1,] 
Error in `[.default`(file1.filter, 1,) : incorrect number of dimensions 

> dput(head(file1.filter)) 
c(0.762, 0.738, 0.865, 0.825, 0.894, 0.859) 

Answer 1

file1.filter et file2.filter sont deux vecteurs, donc la syntaxe file1.filter[i,] provoque une erreur et pourrait être corrigée en utilisant simplement file1.filter[i] (vous devrez également utiliser file2.filter[i]).

Cela dit, tout ce que vous faites avec la boucle for est de compter le nombre de fois où deux des éléments de vecteurs par ne diffèrent plus de 0,1:

conc_c <- 0 
for (i in 1:length(cor_r)) 
{ 
    dif<-abs(file1.filter[i,] - file2.filter[i,]) 
    if (dif <0.1){ 
     conc_c = conc_c +1 
    } 
} 
print(conc_c) 

Cela pourrait se faire en une seule ligne R:

print(sum(abs(file1.filter - file2.filter) < 0.1)) 

Fondamentalement abs(file1.filter - file2.filter) < 0.1 renvoie le vecteur de savoir si chaque élément est inférieure à 0,1 part et sum ajoute 1 pour toute valeur TRUE et 0 pour chaque FALSE valeur, en additionnant efficacement le nombre de valeurs TRUE dans le vecteur.