Networkx Minimum Spanning Tree - problèmes de précision?

Question

Je crée un graphique à partir d'une matrice d'adjacence pondérée de la taille de 222 x 222 nœuds. Tous les poids donnés dans la matrice sont des nombres à virgule flottante compris entre 0.42757498546089029 et 1.6671726002927263. nx.minimum_spanning_tree(G, weight = "weight") méthode me donne la première image ci-dessous, pendant ce temps, si je multiplie toutes les valeurs de la matrice par 100.0 la même méthode me donne la deuxième image. Cela ne se produit pas en traçant la même chose avec igraph. La documentation de Networkx est silencieuse sur les problèmes de précision. Savez-vous pourquoi cela pourrait se produire?

Code NetworkX:

G=nx.from_numpy_matrix(M) 
G1=nx.minimum_spanning_tree(G, weight = "weight") 

labels = {i : node_names[i][1] for i in G1.nodes()} 
colors = {i : node_attributes[labels[i]] for i in G1.nodes()} 
for i in G1.nodes(): 
    G1.node[i]["color"] = 'white' 
    G1.node[i]["style"] = "filled"  
    G1.node[i]["fillcolor"] = colors[i] 
color=nx.get_node_attributes(G1,'color') 
fillcolor=nx.get_node_attributes(G1,'fillcolor') 
H=nx.relabel_nodes(G1,labels) 
nx.draw(H, scale=30, nodelist=H.nodes(), linewidths=0, with_labels = True, node_size=500,font_size=8) 

Code igraph:

g = igraph.Graph.Weighted_Adjacency(M.tolist()) 
    for i, v in enumerate(g.vs): 
     v["color"] = colors[i] 
     v["label"] = labels[i] 
     v["frame_color"] = colors[i] 
     v["label_size"] = 10 
     v["size"] = 26 
    G = g.spanning_tree(weights='weight', return_tree=True) 
    G.to_undirected() 
    igraph.plot(G, labels=False, bbox = (900, 900), margin=40, loops=False 

) 

Answer 1

Ce que vous voyez est le comportement attendu et non un problème de précision du tout. Comme son nom l'indique, la disposition du ressort «simule» l'action des ressorts entre vos nœuds sur leurs positions. Les positions des noeuds sont initialisées sur un cercle, puis la force des ressorts est appliquée à vos noeuds pendant un certain nombre d'itérations (50 par défaut). Avec des poids de connexion faibles, vos nœuds resteront plus ou moins sur le cercle (premier cas), avec des poids forts, vos nœuds graviteront vers le centre (deuxième cas).

En igraph, par défaut, le graphe non-pondéré est utilisé pour calculer la disposition et vous devez donner explicitement le poids au graphe. Je suppose que vous avez peut-être tracé le graphique sans spécifier le paramètre "poids".